问题

我最近从OSX Mountain Lion"升级"到Yosemite，从R 3.1.3升级到3.2。在升级之后，当我打开R或RStudio时，我收到一条弹出消息，说我需要安装Java 6.此外，loadingrJava或依赖于rJava的任何软件包(例如，xlsx)导致RStudio崩溃(R也崩溃了当我通过直接打开R.app尝试这个时)。

尝试在Stack Overflow和其他地方找到一些修复程序后(下面有更多详细信息)，我正处于加载rJava或任何依赖于rJava的程序包不再导致R崩溃的程度，但会导致以下错误：

library(rJava)
Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
  Reason: image not found
Error: package or namespace load failed for ‘rJava’

但是，如果我从命令行调用R然后loadrJava或依赖于rJava的任何包，它似乎工作(或至少我没有得到任何错误消息)。

我已经尝试了一些不同的尝试修复，其中一些已经修改了几次，并且不能完全记住我按照什么顺序做了什么(没有意识到这将是如此的泥潭而且并没有真正保持跟踪) ，但这是它的要点：

  • 在我的.bash_profile中添加了以下内容(根据这个SO答案)：export JAVA_HOME ="/ usr / libexec / java_home -v 1.8"export LD_LIBRARY_PATH = $ JAVA_HOME / jre / lib / server
  • 从命令行重新配置java，如下所示：sudo R CMD javareconf -n
  • 选中的选项("java.home")并发现它被设置为NULL。我尝试将其设置为以下(根据此SO问题)：options("java.home"="/ Library / Java / JavaVirtualMachines / jdk1.8.0_45.jdk / Contents / Home / jre")
  • 安装了最新的Java开发工具包并从源代码重新安装了rJava(不记得我在哪里找到了它)。

在尝试所有这些的某些时候，我能够加载rJava而不会崩溃R，而是得到上面发布的错误消息。此外，当我退出RStudio时，它似乎正常关闭，但随后会弹出"RStudio意外退出"消息，表明程序在尝试关闭时崩溃了。

我最终决定安装484101012(Java 6)，因为我似乎没有选择。现在，当我打开R或RStudio时，"此软件需要Java 6"弹出消息不再出现。但是，我仍然收到上面发布的.onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava'错误消息。

在回顾我已经看过的一些帖子时，我注意到之前我错过了4345453941，它建议使用以下命令行代码打开RStudio，它为RStudio提供了正确的java路径：

LD_LIBRARY_PATH = $(/ usr / libexec / java_home)/ jre / lib / server：open -a RStudio

这打开了一个RStudio窗口，我也能够加载rJava和依赖它的包而不会出错。

最后，我尝试从命令行运行R(我之前没有做过)。事实证明，在命令行上，loadingrJava或任何依赖于rJavaworks的包并且不会抛出任何错误。

所以，如果我从命令行打开RStudio并使用为RStudio提供java路径的代码(如上所述)，我现在可以使用rJava。但是，我想找到一种方法来解决潜在的问题，无论它是什么，这样就可以用通常的Mac方式打开RStudio，而不需要命令行kludge。我还担心安装旧版本的Java可能会导致问题。

有没有人对如何诊断和解决这个问题有任何想法？

#1 热门回答(257 赞)

我遇到了同样的问题，并且和你一样经历了同样的步骤。允许通过Finder / Spotlight启动RStudio的最后一步是将libjvm.dylib链接到/ usr / local / lib：

sudo ln -f -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

添加-fflag以强制覆盖现有文件/链接

#2 热门回答(48 赞)

在OSX El Capitan 10.11上，用户无权写入/ usr / lib。因此，请使用以下命令：

sudo ln -s $(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server/libjvm.dylib /usr/local/lib

#3 热门回答(27 赞)

你可以通过运行方式明确加载libjvm.dylib

dyn.load('/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_66.jdk/Contents/Home/jre/lib/server/libjvm.dylib')
library(rJava)

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