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绘制事件序列/事件序列群集

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也许这是一个严峻的问题，但我对它进行了研究并找不到答案 .

我想绘制我的事件序列，就像我们使用 seqIplot ， seqfplot ， seqdplot 和 seqmtplot 绘制状态序列一样 . seqplot 一般 .

当我尝试这样做时，我收到消息：

Error: data is not a sequence object, use seqdef function to create one

让我相信这些功能只适用于状态序列 .

在用户指南第10节中，它们仅给出了子序列图的示例 . 但那些并不完全相同 .

1）有没有办法生成事件序列的上述图？其中状态将是过渡 .

此外，当我尝试计算距离矩阵时，我得到一个类似的错误：

Error:  [!] data is not a state sequence object, use 'seqdef' function to create one

2）是否有可能计算距离矩阵然后将聚类方法应用于事件序列？

谢谢 ！

r traminer

2 回答

  • 3

    你是对的 . seqplot 系列函数仅用于状态序列 .

    要将事件序列绘制为状态序列，必须先将它们转换为状态序列 .

    假设您的事件序列采用TSE格式（垂直时间戳事件形式）作为 TraMineR 提供的 actcal.tse 示例文件，您可以使用伴随 TraMineRextras 包的 TSE_to_STS 将它们转换为状态序列 .

    对于转换，您必须指定每个事件之后的状态 . 您可以通过使用 seqe2stm 函数创建转换矩阵来实现 . 该矩阵的每个单元格应该给出新的状态，当我们处于相应的行状态（行名称）时发生列事件（列名称） .

    为了说明，这里是 TSE_to_STS 的帮助页面中的示例

    data(actcal.tse)
events <- c("PartTime", "NoActivity", "FullTime", "LowPartTime")

## States defined by last occurred event (forgetting all previous events).
stm <- seqe2stm(events, dropList=list("PartTime"=events[-1],
           NoActivity=events[-2], FullTime=events[-3],
           LowPartTime=events[-4]))

mysts <- TSE_to_STS(actcal.tse[1:100,], id=1, timestamp=2, event=3,
           stm=stm, tmin=1, tmax=12, firstState="None")

    一旦以STS形式获得状态序列，就可以创建状态序列对象并绘制它们 .

    my.seq <- seqdef(mysts)
seqdplot(my.seq)

    或者，您可以使用 seqpcplot 函数制作事件序列的平行坐标图 . 该功能的帮助页面上有很多示例 . 有关情节的详细信息，请参阅

    Bürgin，R . ＆Ritschard，G . （2014），"A decorated parallel coordinate plot for categorical longitudinal data"，美国统计学家 . 卷 . 68（2），pp.98-103 . doi

    希望这可以帮助 .

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  • 2

    关于事件序列的聚类，您可以使用随附 TraMineRextras 包的 seqedist 函数 .

    data(actcal.tse)
actcal.seqe <- seqecreate(actcal.tse[1:200,])[1:6,]
## We have 8 different event in this dataset
idcost <- rep(1, 8)
dd <- seqedist(actcal.seqe, idcost=idcost, vparam=.1)

    有关距离的说明，您可以查看纸张

    Ritschard，G.，Bürgin，R . ＆Studer，M . （2013），"Exploratory Mining of Life Event Histories"，In McArdle，J.J . ＆Ritschard，G . （编辑）行为科学中探索性数据挖掘的当代问题 . 系列：定量方法论，第221-253页 . 纽约：劳特利奇 . Preprint

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