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如何在Jupyter Notebook中显示文件中的图像？

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我想使用IPython notebook作为交互式分析我使用Biopython的GenomeDiagram模块制作的一些基因组图表的方法 . 虽然有大量关于如何使用 matplotlib 在IPython笔记本中内联图形的文档，但是GenomeDiagram使用了ReportLab工具包，我认为它不支持IPython中的内联图形 .

然而，我想，解决这个问题的方法是将绘图/基因组图表写入文件，然后打开内联图像，这将具有相同的结果，如下所示：

gd_diagram.write("test.png", "PNG")
display(file="test.png")

但是，我无法弄清楚如何做到这一点 - 或者知道它是否可行 . 那么有人知道图像是否可以在IPython中打开/显示？

python jupyter-notebook ipython

7 回答

  • 3

    由this post提供，您可以执行以下操作：

    from IPython.display import Image
Image(filename='test.png')

    （official docs）

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  • 4

    如果您尝试在循环内以这种方式显示图像，则需要将Image构造函数包装在显示方法中 .

    from IPython.display import Image, display

listOfImageNames = ['/path/to/images/1.png',
                    '/path/to/images/2.png']

for imageName in listOfImageNames:
    display(Image(filename=imageName))
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  • 3

    注意，直到现在发布的解决方案只适用于png和jpg！

    如果您希望在不导入更多库的情况下更容易，或者想要在Ipython Notebook中显示动画或非动画GIF文件 . 将要显示它的行转换为markdown并使用这个漂亮的短黑客！

    ![alt text](test.gif "Title")
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  • 145

    感谢this页面，我发现上述建议没有：

    import PIL.Image
from cStringIO import StringIO
import IPython.display
import numpy as np
def showarray(a, fmt='png'):
    a = np.uint8(a)
    f = StringIO()
    PIL.Image.fromarray(a).save(f, fmt)
    IPython.display.display(IPython.display.Image(data=f.getvalue()))
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  • 25

    您还可以使用PIL在Jupyter Notebook中显示图像文件：

    from PIL import Image
path = "cats/cat0.jpg"
display(Image.open(path))

    这也适用于循环 .

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  • 220

    这将在Jupyter中导入并显示 .jpg 图像（在Anaconda环境中使用Python 2.7进行测试）

    from IPython.display import display
from PIL import Image


path="/path/to/image.jpg"
display(Image.open(path))

    您可能需要安装PIL

    在Anaconda这是通过打字完成的

    conda install pillow
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  • 0

    当使用 GenomeDiagram 和Jupyter（iPython）时，显示图像的最简单方法是将GenomeDiagram转换为PNG图像 . 这可以使用IPython.display.Image对象进行包装，以使其显示在笔记本中 .

    from Bio.Graphics import GenomeDiagram
from Bio.SeqFeature import SeqFeature, FeatureLocation
from IPython.display import display, Image
gd_diagram = GenomeDiagram.Diagram("Test diagram")
gd_track_for_features = gd_diagram.new_track(1, name="Annotated Features")
gd_feature_set = gd_track_for_features.new_set()
gd_feature_set.add_feature(SeqFeature(FeatureLocation(25, 75), strand=+1))
gd_diagram.draw(format="linear", orientation="landscape", pagesize='A4',
                fragments=1, start=0, end=100)
Image(gd_diagram.write_to_string("PNG"))

    [See Notebook]

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