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按顺序重命名fasta标头

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我有多个fasta文件，每个文件有8个 Headers 总是以相同的顺序（在物种方面） . 例如它就像

grep -o -E "^>\w+" batch1.seq

 jgi
 jgi
 augustus_masked
 augustus_masked
 augustus_masked
 jgi
 augustus_masked
 augustus_masked

和

grep -o -E "^>\w+" batch2.seq

给

jgi
jgi
maker
maker
maker
jgi
maker
maker

无论它们的 Headers 如何，我都想重命名文件夹中文件的所有fasta Headers （数量为8）

Ara
Soy
Gly
Tom
Whe
Cor
Nat
Blu
awk sed grep

1 回答

  • 2

    awk 来救援！

    awk 'NR==FNR{names[NR]=$0; next} 
        /^>/{$1=">"names[++c]}1' names fasta > fasta.new

    使用脚本时，请将新 Headers 列表保留在文件 names 中 .

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