Rscript：确定执行脚本的路径-Java 学习之路

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我有一个名为 foo.R 的脚本，其中包含另一个脚本 other.R ，它位于同一目录中：

#!/usr/bin/env Rscript
print("Hello")
source("other.R")

但我希望 R 找到 other.R ，无论当前的工作目录是什么 .

换句话说， foo.R 需要知道自己的路径 . 我怎样才能做到这一点？

24 回答

#!/usr/bin/env Rscript
print("Hello")

# sad workaround but works :(
programDir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)
source(paste(programDir,"other.R",sep='/'))
source(paste(programDir,"other-than-other.R",sep='/'))

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这对我有用 . 只需从命令行参数中获取它，剥离不需要的文本，执行一个dirname，最后从中获取完整路径：
```
args <- commandArgs(trailingOnly = F)  
scriptPath <- normalizePath(dirname(sub("^--file=", "", args[grep("^--file=", args)])))
```
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我把这个问题的答案包装起来并扩展到rprojroot中的新函数 thisfile() . 也可用于编织 knitr .

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Here这个问题有一个简单的解决方案 . 这个命令：
```
script.dir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)
```
返回当前脚本文件的路径 . 保存脚本后它可以工作 .
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您可以使用 commandArgs 函数获取Rscript传递给实际R解释器的所有选项，并搜索它们 --file= . 如果您的脚本是从路径启动的，或者是使用完整路径启动的，则下面的 script.name 将以 '/' 开头 . 否则，它必须相对于 cwd ，您可以连接两个路径以获取完整路径 .

Edit: 听起来你只需要上面的 script.name 并去掉路径的最后一个组件 . 我删除了不需要的 cwd() 示例并清理了主脚本并发布了我的 other.R . 只需将此脚本和 other.R 脚本保存到同一目录中，然后运行主脚本即可 .

main.R ：

#!/usr/bin/env Rscript
initial.options <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
file.arg.name <- "--file="
script.name <- sub(file.arg.name, "", initial.options[grep(file.arg.name, initial.options)])
script.basename <- dirname(script.name)
other.name <- file.path(script.basename, "other.R")
print(paste("Sourcing",other.name,"from",script.name))
source(other.name)

other.R ：

print("hello")

output ：

burner@firefighter:~$ main.R
[1] "Sourcing /home/burner/bin/other.R from /home/burner/bin/main.R"
[1] "hello"
burner@firefighter:~$ bin/main.R
[1] "Sourcing bin/other.R from bin/main.R"
[1] "hello"
burner@firefighter:~$ cd bin
burner@firefighter:~/bin$ main.R
[1] "Sourcing ./other.R from ./main.R"
[1] "hello"

这就是我认为德曼正在寻找的东西 .

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我喜欢这种方法：

this.file <- sys.frame(tail(grep('source',sys.calls()),n=1))$ofile
this.dir <- dirname(this.file)

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令人惊讶的是R中没有'$ 0'类型的结构！您可以使用system（）调用以R编写的bash脚本来执行此操作：

write.table(c("readlink -e $0"), file="scriptpath.sh",col=F, row=F, quote=F)
thisscript <- system("sh scriptpath.sh", intern = TRUE)

然后只需为other.R拆分scriptpath.sh名称

splitstr <- rev(strsplit(thisscript, "\\/")[[1]])
otherscript <- paste0(paste(rev(splitstr[2:length(splitstr)]),collapse="/"),"/other.R")

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请注意，getopt包提供 get_Rscript_filename 函数，它只使用此处提供的相同解决方案，但已在标准R模块中为您编写，因此您无需将"get script path"函数复制并粘贴到您编写的每个脚本中 .

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我尝试了几乎所有这个问题，Getting path of an R script，Get the path of current script，Find location of current .R file和R command for setting working directory to source file location in Rstudio，但最后发现自己手动浏览CRAN表并找到了

scriptName库

它提供 current_filename() 函数，当在RStudio中获取时以及通过R或RScript可执行文件调用时返回脚本的正确完整路径 .

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您可以将r脚本包装在bash脚本中，并将脚本的路径检索为bash变量，如下所示：

#!/bin/bash
     # [environment variables can be set here]
     path_to_script=$(dirname $0)

     R --slave<<EOF
        source("$path_to_script/other.R")

     EOF

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如果不是脚本， foo.R ，知道它的路径位置，如果你可以改变你的代码以始终引用来自公共 root 的所有 source 'd路径，那么这些可能是一个很大的帮助：
- https://krlmlr.github.io/here/
- https://krlmlr.github.io/rprojroot/
特定
- /app/deeply/nested/foo.R
- /app/other.R
这会奏效
```
#!/usr/bin/env Rscript
library(here)
source(here("other.R"))
```
有关如何定义项目根的信息，请参阅https://krlmlr.github.io/rprojroot/ .
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我的一体！

#' current script file (in full path)
#' @param
#' @return
#' @examples
#' works with Rscript, source() or in RStudio Run selection
#' @export
csf <- function() {
    # http://stackoverflow.com/a/32016824/2292993
    cmdArgs = commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    needle = "--file="
    match = grep(needle, cmdArgs)
    if (length(match) > 0) {
        # Rscript via command line
        return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
    } else {
        ls_vars = ls(sys.frames()[[1]])
        if ("fileName" %in% ls_vars) {
            # Source'd via RStudio
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$fileName)) 
        } else {
            if (!is.null(sys.frames()[[1]]$ofile)) {
            # Source'd via R console
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
            } else {
                # RStudio Run Selection
                # http://stackoverflow.com/a/35842176/2292993  
                return(normalizePath(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path))
            }
        }
    }
}

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来自Getting path of an R script的rakensi的答案是最正确和最精彩的恕我直言 . 然而，它在这里引用它，以便让别人更容易找到它 .

sourceDir < - getSrcDirectory（function（dummy））

这给出了放置语句的文件的目录（定义了伪函数的位置） . 然后它可以用于设置工作目标并使用相对路径，例如
```
setwd(sourceDir)
source("other.R")
```
或创建绝对路径
```
source(paste(sourceDir, "/other.R", sep=""))
```
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我自己就是这么做的 . 要确保脚本的可移植性，请始终使用以下命令：
```
wd <- setwd(".")
setwd(wd)
```
它的工作原理是因为"."的翻译类似于Unix命令$ PWD . 将此字符串分配给字符对象允许您将该字符对象插入到setwd（）和Presto中，您的代码将始终以其当前目录作为工作目录运行，无论它在哪个机器上，或者在文件结构中它在哪里位于 . （额外的好处：wd对象可以与file.path（）一起使用（即file.path（wd，"output_directory"），以允许创建标准输出目录，而不管通往命名目录的文件路径 . 要求您在以这种方式引用之前创建新目录，但也可以使用wd对象进行帮助 .

或者，以下代码执行完全相同的操作：
```
wd <- getwd()
setwd(wd)
```
或者，如果您不需要对象中的文件路径，您可以简单地：
```
setwd(".")
```
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这对我有用

library(rstudioapi)    
rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path

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frame_files <- lapply(sys.frames(), function(x) x$ofile)
frame_files <- Filter(Negate(is.null), frame_files)
PATH <- dirname(frame_files[[length(frame_files)]])

不要问我它是如何工作的，因为我忘记了：/

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您可能只使用99％的案例：
```
sys.calls()[[1]] [[2]]
```
它不适用于脚本不是第一个参数的疯狂调用，即 source(some args, file="myscript") . 在这些奇特的案例中使用@ hadley's .
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我会使用@ steamer25方法的变体 . 关键是我更喜欢获取最后一个源脚本，即使我的会话是通过Rscript启动的 . 下列片段，当包含在文件中时，将提供包含脚本的规范化路径的变量 thisScript . 我承认（ab）使用source'ing，所以有时我调用Rscript并且 --file 参数中提供的脚本会提供另一个脚本来源另一个...有一天我会投入使我的杂乱代码变成一个包 .

thisScript <- (function() {
  lastScriptSourced <- tail(unlist(lapply(sys.frames(), function(env) env$ofile)), 1)

  if (is.null(lastScriptSourced)) {
    # No script sourced, checking invocation through Rscript
    cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    needle <- "--file="
    match <- grep(needle, cmdArgs)
    if (length(match) > 0) {
      return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match]), winslash=.Platform$file.sep, mustWork=TRUE))
    }
  } else {
    # 'source'd via R console
    return(normalizePath(lastScriptSourced, winslash=.Platform$file.sep, mustWork=TRUE))
  }
})()

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Steamer25的方法有效，但前提是路径中没有空格 . 在macOS上，至少 cmdArgs[match] 为 /base/some\ dir\ with\ whitespace/ 返回类似 /base/some~+~dir~+~with~+~whitespace/ 的内容 .

我通过在返回之前用简单的空格替换“~~”来解决这个问题 .

thisFile <- function() {
  cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
  needle <- "--file="
  match <- grep(needle, cmdArgs)
  if (length(match) > 0) {
    # Rscript
    path <- cmdArgs[match]
    path <- gsub("\\~\\+\\~", " ", path)
    return(normalizePath(sub(needle, "", path)))
  } else {
    # 'source'd via R console
    return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
  }
}

显然你仍然可以像aprstar那样扩展else块 .

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我的上述实现存在问题，因为我的脚本是从符号链接的目录中运行的，或者至少对我来说是有效的 . 按照@ ennuikiller的回答，我把我的Rscript包裹在bash中 . 我使用 pwd -P 设置了路径变量，它解析了符号链接的目录结构 . 然后将路径传递给Rscript .

Bash.sh
```
#!/bin/bash

# set path variable
path=`pwd -P`

#Run Rscript with path argument
Rscript foo.R $path
```
foo.R
```
args <- commandArgs(trailingOnly=TRUE)
setwd(args[1])
source(other.R)
```
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请参阅R.utils包的 findSourceTraceback()

在所有调用帧中查找source（）生成的所有'srcfile'对象 . 这使得有可能找出source（）当前编写的文件 .

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Supressingfire的答案的缩小版本：

source_local <- function(fname){
    argv <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    base_dir <- dirname(substring(argv[grep("--file=", argv)], 8))
    source(paste(base_dir, fname, sep="/"))
}

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当从R控制台_236444进入时，我无法使用_236443的解决方案 .
使用Rscript时，我无法解决问题 .

两全其美？

thisFile <- function() {
        cmdArgs <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
        needle <- "--file="
        match <- grep(needle, cmdArgs)
        if (length(match) > 0) {
                # Rscript
                return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
        } else {
                # 'source'd via R console
                return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
        }
}

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我喜欢steamer25的解决方案，因为它似乎对我来说最强大 . 但是，在RStudio（在Windows中）进行调试时，路径将无法正确设置 . 原因是如果在RStudio中设置断点，则获取文件使用备用“调试源”命令，该命令将脚本路径设置为稍有不同 . 以下是我目前使用的最终版本，它在调试时考虑了RStudio中的这种替代行为：

# @return full path to this script
get_script_path <- function() {
    cmdArgs = commandArgs(trailingOnly = FALSE)
    needle = "--file="
    match = grep(needle, cmdArgs)
    if (length(match) > 0) {
        # Rscript
        return(normalizePath(sub(needle, "", cmdArgs[match])))
    } else {
        ls_vars = ls(sys.frames()[[1]])
        if ("fileName" %in% ls_vars) {
            # Source'd via RStudio
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$fileName)) 
        } else {
            # Source'd via R console
            return(normalizePath(sys.frames()[[1]]$ofile))
        }
    }
}

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Rscript：确定执行脚本的路径

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