在医学成像中,似乎存在两种存储巨大的千兆像素图像的方式:
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使用大量JPEG图像(打包成文件或单独打印)并制作一些奇怪的索引格式来描述其中的内容 . 以某种其他格式处理一些元数据 .
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使用TIFF的图块和多图像支持将图像干净地存储为单个文件,并为缩放速度提供缩减采样版本 . 然后滥用各种TIFF标签以非标准方式存储元数据 . 此外,存储具有重叠边界的切片,必须稍后单独翻译 .
在这两种情况下,读者必须充分了解格式,以了解如何绘制内容和阅读元数据 .
有没有更好的方法来存储这些图像? TIFF(或BigTIFF)仍然是正确的格式吗? XMP是否解决了元数据问题?
主要问题是:
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以允许快速随机访问(平铺)的方式存储图像
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存储下采样图像以进行快速缩放(金字塔)
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处理瓷砖重叠或稀疏的情况(扫描仪通常通过在2D中的幻灯片上移动相机并仅捕获有图像的位置来工作)
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存储重要元数据,包括幻灯片标签和缩略图等相关图像
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支持有损存储
人们使用什么样的(希望是非专有的)格式来存储大型航空照片或 Map ?这些图像具有相似的属性 .
6 回答
它似乎从TIFF或BigTIFF开始,并定义了一个有用的标签子集,XMP元数据可能是最佳选择 . FITS是不好的,因为它基本上是无损数据,并且没有非常合适的元数据机制 .
TIFF的问题在于它只是允许太多的灵活性,但是TIFF的子集应该是可接受的 .
解决方案很可能是http://ome-xml.org/和http://ome-xml.org/wiki/OmeTiff .
看起来DICOM现在有支持:ftp://medical.nema.org/MEDICAL/Dicom/Final/sup145_ft.pdf
你可能想要FITS .
任意大小
1--3维数据
广泛的 Headers
广泛用于天文学,并得到美国宇航局和国际天文学联合会的认可
我是一名病理学家(和业余爱好者程序员),所以虚拟幻灯片和数字病理学是我的一大兴趣 . 您可能对OpenSlide project感兴趣 . 他们描述了大型供应商(Aperio,BioImagene等)的一些专有格式 . 大多数似乎包括金字塔形缩放(当然是在不同的微观目标下扫描),包含多个平铺tiff或压缩(JPEG或JPEG2000)图像的大型tiff文件 .
行业标准是DICOM Sup 145;让供应商采用它虽然缓慢,但发明另一种格式可能没有帮助 .
PNG可能适合你 . 它可以处理大图像,元数据,并且PNG格式可以有一些interlacing,因此您可以很容易地获得(下至?)n / 8 x n / 8下采样图像 .
我不确定PNG是否可以进行快速随机访问 . 它是分块的,但这可能还不够 .
您可以使用透明度通道表示稀疏数据 .
JPEG2000可能值得一看,国家图书馆在这个领域做了一些有趣的工作 .