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使用来自{mice}包的as.mids（）时，插补数属性是否错误？

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我对R来说比较新，对论坛来说也是新手，所以我可能不知道一些发布规则（善意） .

我的问题与Stef van Buuren在鼠标包中的as.mids（）函数有关：当使用它时，新mids对象中的数据很好，但属性中的插补数量是原始1 .

示例（利用原始as.mids（）示例和鼠标包中的数据）：

imp <- mice(boys, print = FALSE, maxit = 1) #using the default number of imputations m = 5
X <- complete(imp, action = "long", include = TRUE)
test <- as.mids(X)

创建的对象现在显示：插补数= 6（而不是5），不知何故也影响分析，如之间的区别所示

fit <- with(imp, lm(bmi ~ age))
round(summary(pool(fit)), 2)
fit2 <- with(test, lm(bmi ~ age))
round(summary(pool(fit2)), 2).

在查看as.mids（）的代码时，一个小的改变似乎可以解决这个问题，但我的R知识确实需要第二个意见 .

原始as.mids（）代码如下：

function (data, .imp = 1, .id = 2) 
{
  ini <- mice(data[data[, .imp] == 0, -c(.imp, .id)], m = max(as.numeric(data[, 
                                                                              .imp])), maxit = 0)
  names <- names(ini$imp)
  if (!is.null(.id)) {
    rownames(ini$data) <- data[data[, .imp] == 0, .id]
  }
  for (i in 1:length(names)) {
    for (m in 1:(max(as.numeric(data[, .imp])) - 1)) {
      if (!is.null(ini$imp[[i]])) {
        indic <- data[, .imp] == m & is.na(data[data[, 
                                                     .imp] == 0, names[i]])
        ini$imp[[names[i]]][m] <- data[indic, names[i]]
      }
    }
  }
  return(ini)
}

现在修改ini（3行）定义中鼠标调用中的m参数似乎可以解决它（仅考虑max（as.numeric（））给出级别数的事实，因此包括原始数据，这可能不是真的）：

as.mids.mod <- function(data, .imp = 1, .id = 2){
  ini <- mice(data[data[, .imp] == 0, -c(.imp, .id)], m = (max(as.numeric(data[, .imp])) -1), maxit = 0)
  names <- names(ini$imp)
  if (!is.null(.id)) {
    rownames(ini$data) <- data[data[, .imp] == 0, .id]
  }
  for (i in 1:length(names)) {
    for (m in 1:(max(as.numeric(data[, .imp])) - 1)) {
      if (!is.null(ini$imp[[i]])) {
        indic <- data[, .imp] == m & is.na(data[data[, .imp] == 0, names[i]])
        ini$imp[[names[i]]][m] <- data[indic, names[i]]
      }
    }
  }
  return(ini)

现在在示例中使用as.mids.mod可以得到类似的分析结果：

imp <- mice(boys, print = FALSE, maxit = 1)
data <- complete(imp, action = "long", include = TRUE)
test <- as.mids(data)
test2 <- as.mids.mod(data)

fit <- with(imp, lm(bmi ~ age))
round(summary(pool(fit)), 2)
fit3 <- with(test2, lm(bmi ~ age))
round(summary(pool(fit3)), 2)

我在使用函数和/或解决问题时做错了什么，或者as.mids（）函数是否应该稍微修改一下？

r r-mice

1 回答

  • 2

    谢谢你提出这个问题 . 以下工作示例中的函数 as.mids2() 生成所需的 mids 对象 .

    as.mids2 <- function(data2, .imp=1, .id=2){
    ini <- mice(data2[data2[, .imp] == 0, -   c(.imp, .id)], m =   max(as.numeric(levels(data2[,  .imp]))), maxit=0)
    names  <- names(ini$imp)
    if (!is.null(.id)){
        rownames(ini$data) <- data2[data2[, .imp] == 0, .id]
    }
    for (i in 1:length(names)){
        for(m in 1:(max(as.numeric(levels(data2[,  .imp]))))){
            if(!is.null(ini$imp[[i]])){
                 indic <- data2[, .imp] == m &  is.na(data2[data2[, .imp]==0, names[i]])
                ini$imp[[names[i]]][m] <- data2[indic, names[i]]
            }
        } 
    }
    return(ini)
}

require(mice)
imp <- mice(nhanes)
com <- complete(imp, "long", include = TRUE)

imp2 <- as.mids2(com)
com2 <- complete(imp2, "long", include = TRUE)
all(na.omit(com == com2))
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