我正在使用最佳匹配算法在TraMineR中进行序列分析 . 不幸的是，我的 sequences are of unequal length due to right-censored data . 我的序列的最小长度是5，最大长度11.长度的变化对我感兴趣的序列之间的差异没有意义 . 因此，我想保持不等长度对序列之间总体差异的影响尽可能小 .
我在Stovel和Bolan（2004（1））中读到了这个问题的可能解决方案，他们使用 variable indel costs 取决于序列长度是否相等 . 因此，对于相等长度的序列，它们使用固定的indel成本，并且对于不等长度，它们使用降低的成本，其“大约是固定成本的四分之一” .
My questions would be: 一般来说，如何在TraMineR中编码缺失？作为空白元素还是我应该在字母表中包含缺失状态？ TramineR中是否存在应用可变indel成本的选项，如Stovel和Bolan所介绍的那样？如果是，怎么办呢？
（1）Stovel，Katherine和Marc Bolan . “住宅轨迹：利用最优对齐方式揭示住宅流动结构 . ”社会学方法与研究32（4）：559-598 .
1 回答
目前，不可能使用可变的indel成本（取决于序列是否具有相等的长度） . 我对这种方法持怀疑态度，因为如果我理解得很清楚，距离测量的定义会根据所涉及的顺序而改变（因为插入成本会发生变化） . 因此，不尊重三角不等式 . 从概念的角度来看，我认为我们应该始终使用相同的比较标准，从而使用相同的距离定义 .