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缩放不同尺寸的热图以使细胞大小相等

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我正在使用Python包Seaborn将矩阵绘制为PDF文档的热图，每个热图都在一个单独的页面上 . 热图具有相同的列数（在一次运行中相同，但通常不是常数），并且可能有不同的行数，因此PDF页面的大小不同 . 我希望在整个PDF文档中将单元格映射为相同大小的正方形 . 理想情况下，我会在绘制热图时明确指定单元格大小，但似乎没有这样的选项 . 我尝试按比例调整图形的行数和列数，但即使对于常量 figure_width 和 figure_height = cell_size * row_count ，它也不会导致固定 cell_size 的单元格，而 figure_width = cell_size * column_count 和 figure_height = cell_size * row_count 另外会在热图的宽度和高度之间产生相互作用（因为单元格是正方形的） ，即纵横比为1：1），得到的比例变得更加模糊 .

是否有任何解决方案可以明确指定seaborn.heatmap（或matplotlib colorbar，colormesh等）中的单元格大小，或者强制将其强制为某个值？

我的代码 figure_width 是常数（20in）和 figure_height = cell_size * row_count （ cell_size 是0.2in），产生最后一个热图（高度为5个单元格），单元格大小与其余不同：

from matplotlib.backends.backend_pdf import PdfPages
import seaborn
import numpy as np

with PdfPages('test.pdf') as pdf_pages:
    column_count = 150
    for row_count in [100, 30, 10, 5]:
        data = np.random.rand(row_count, column_count)
        fig = plt.figure(figsize=(20, 0.2 * row_count))
        seaborn.heatmap(data, square=True, xticklabels=range(column_count),
                             yticklabels=range(row_count), cbar=None)
        plt.tight_layout()
        pdf_pages.savefig(fig)

figure_width = cell_size * column_count 和 figure_height = cell_size * row_count （ cell_size 为0.2in）时的代码，生成具有不同单元大小的所有热图：

with PdfPages('test.pdf') as pdf_pages:
    column_count = 150
    for row_count in [100, 30, 10, 5]:
        data = np.random.rand(row_count, column_count)
        fig = plt.figure(figsize=(0.2 * column_count, 0.2 * row_count))
        seaborn.heatmap(data, square=True, xticklabels=range(column_count),
                             yticklabels=range(row_count), cbar=None)
        plt.tight_layout()
        pdf_pages.savefig(fig)

理想情况下，解决方案应该是 column_count 的参数化，因为它只在一个PDF文档中保持不变，而在整个运行过程中都会发生变化 .

python matplotlib heatmap seaborn

1 回答

  • 1

    您需要计算一些参数以获得所需的结果 .
    您可以从图形宽度开始 . 然后在热图周围定义一些边距和行数（应该是常量） .
    从这些数字中，您可以计算一次单元格（像素）的英寸大小 .
    然后，对于每个图，您可以计算托管一定数量单元格所需的图形高度 . 这是在循环内完成的 . 此外，每个数字都需要设置相对边距（从绝对值计算） .

    最后这将给出（忽略pdfpages，这似乎与此无关）：

    import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn
import numpy as np

####  Free input parameters ####
cols = [100, 30, 10, 5]
# start by specifying figure width and margins
figwidth= 20. #inch
marg_top = 0.7
marg_bottom = 0.7
marg_left = 0.7
marg_right = 0.7

# number of cells along width
cells_in_row = 150

####  Automatic calculation ####
# determine cell size in inch
cellsize = (figwidth-marg_left-marg_right)/float(cells_in_row)
# now loop over cols:
for cells_in_column in cols:
    # calculate figure height in inches
    figheight = cellsize*cells_in_column+marg_top+marg_bottom
    # set figure size
    fig = plt.figure(figsize=(figwidth, figheight))
    # adjust margins (relative numbers) according to absolute values
    fig.subplots_adjust(bottom =marg_bottom/figheight ,top=1.-marg_top/figheight,
                        left=marg_left/figwidth, right=1.-marg_right/figwidth)

    data = np.random.rand(cells_in_column, cells_in_row)
    seaborn.heatmap(data, square=True, xticklabels=range(cells_in_row),
                         yticklabels=range(cells_in_column), cbar=None)
    fig.savefig("fig{}.png".format(cells_in_column))

    当然你也可以从给定的 cellsize 开始并从中计算出图形宽度：

    # start by specifying cell size and margins
cellsize = 0.08 #inch
marg_top = 0.7
marg_bottom = 0.7
marg_left = 0.7
marg_right = 0.7

# number of cells along width
cells_in_row = 150
# determine figure width
figwidth = cellsize* cells_in_row + marg_left+marg_right
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