如何在每个子组中执行Fisher测试-Java 学习之路

我有一个包含以下数据的数据框：

age.cat ds.cat  finalstate
<65     AGN     dead
<65     AGN     alive
<65     PC      alive
65+     AMI     alive
65+     PC      dead
<65     AMI     alive

对于 ds.cat 因子变量的每个级别，我需要对 age.cat 和 finalstate 变量执行Fisher测试 .

我试图通过几种方式做到这一点，但没有收到我需要的东西 . 以下R代码不会产生所需的结果：

library(descr)
# 1 syntax - doesn't work
by(split(df, df$ds.cat), CrossTable(age.cat, finalstate, prop.chisq = FALSE, fisher = TRUE))
# 2 syntax - doesn't work
sapply( split(df, df$ds.cat), function(x) CrossTable(age.cat, finalstate, prop.chisq = FALSE, fisher = TRUE) )
# 3 syntax - doesn't work
for(i in 1:nlevels(ds.cat)){
    curcat <- subset(df, ds.cat == ds.cat[i])
    CrossTable(age.cat[ds.cat == ds.cat[i]], finalstate[ds.cat == ds.cat[i]], prop.chisq = FALSE, fisher = TRUE, data = curcat)
}

请有人建议如何为 ds.cat 因子变量的每个级别执行 age.cat 和 finalstate 变量的Fisher测试？

已解决！

非常感谢你们所有人！

带有 CrossTable 的代码会产生错误

Error in chisq.test(t, correct = FALSE) : 
'x' must at least have 2 elements

但感谢@BenBolker，基础 fisher.test 函数在您的代码中运行良好

l <- split(arf.mort, arf.mort$ds.cat)
lapply(l, function(x) fisher.test(x$age.cat, x$finalstate))

以及运作良好

by(arf.mort, arf.mort$ds.cat, function(x){ fisher.test(x$age.cat, x$finalstate) })

2 回答

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你应该提一下你正在使用的包裹（ gmodels ） . 我们不想寻找 .
```
require(gmodels)
l <- split(df, df$ds.cat)
lapply(l, function(x) CrossTable(x$age.cat, x$finalstate, 
            prop.chisq = FALSE, fisher = TRUE)
```
它提供了一大堆表（我猜它类似于S-plus格式） .
回复于 2024-05-06T23:58:50+08:00
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假设您正在使用虹膜数据集（它是在启动R时加载的），并且您想要获取前两列的CrossTable，由Species分割 . 这是你如何做到的：
```
#whatever a crosstable is
CrossTable <- function(x, y){
    #something tricky
    sum(x+y)
}

by(iris, iris$Species, function(x){ CrossTable(x[1], x[2]) })
```
回复于 2024-05-06T23:58:50+08:00

如何在每个子组中执行Fisher测试

已解决！

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