如何从R脚本中读取命令行参数？-Java 学习之路

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我有一个R脚本，我希望能够提供几个命令行参数（而不是代码本身的硬编码参数值） . 该脚本在Windows上运行 .

我找不到有关如何将命令行中提供的参数读入我的R脚本的信息 . 如果无法做到，我会感到惊讶，所以也许我只是在谷歌搜索中没有使用最好的关键词......

任何指针或建议？

10 回答

Dirk's answer here是您需要的一切 . 这是一个可重复性最小的例子 .

我制作了两个文件： exmpl.bat 和 exmpl.R .

exmpl.bat ：

set R_Script="C:\Program Files\R-3.0.2\bin\RScript.exe"
%R_Script% exmpl.R 2010-01-28 example 100 > exmpl.batch 2>&1

或者，使用 Rterm.exe ：

set R_TERM="C:\Program Files\R-3.0.2\bin\i386\Rterm.exe"
%R_TERM% --no-restore --no-save --args 2010-01-28 example 100 < exmpl.R > exmpl.batch 2>&1

exmpl.R ：

options(echo=TRUE) # if you want see commands in output file
args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
print(args)
# trailingOnly=TRUE means that only your arguments are returned, check:
# print(commandArgs(trailingOnly=FALSE))

start_date <- as.Date(args[1])
name <- args[2]
n <- as.integer(args[3])
rm(args)

# Some computations:
x <- rnorm(n)
png(paste(name,".png",sep=""))
plot(start_date+(1L:n), x)
dev.off()

summary(x)

将两个文件保存在同一目录中并启动 exmpl.bat . 在结果中你会得到：

example.png 有一些情节
完成所有工作后
exmpl.batch

您还可以添加环境变量 %R_Script% ：

"C:\Program Files\R-3.0.2\bin\RScript.exe"

并在批处理脚本中使用它作为 %R_Script% <filename.r> <arguments>

RScript 和 Rterm 之间的差异：

Rscript 语法更简单
Rscript 在x64上自动选择架构（详见R Installation and Administration, 2.6 Sub-architectures）
如果要将命令写入输出文件，
Rscript 需要.26文件中的 options(echo=TRUE)

回复于 2024-04-28T17:56:17+08:00

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几点：
- 可通过 commandArgs() 访问命令行参数，因此请参阅 help(commandArgs) 以获取概述 .
- 您可以在所有平台上使用 Rscript.exe ，包括Windows . 它将支持 commandArgs() . littler可以移植到Windows，但现在只能在OS X和Linux上使用 .
- CRAN上有两个附加软件包 - getopt和optparse - 它们都是为命令行解析而编写的 .
2015年11月编辑：出现了新的替代方案，我全心全意地推荐docopt .
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将其添加到脚本的顶部：
```
args<-commandArgs(TRUE)
```
然后你可以引用传递为 args[1] ， args[2] 等的参数 .

然后跑
```
Rscript myscript.R arg1 arg2 arg3
```
如果你的args是带有空格的字符串，请用双引号括起来 .
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试试库（getopt）......如果你想让事情变得更好 . 例如：

spec <- matrix(c(
        'in'     , 'i', 1, "character", "file from fastq-stats -x (required)",
        'gc'     , 'g', 1, "character", "input gc content file (optional)",
        'out'    , 'o', 1, "character", "output filename (optional)",
        'help'   , 'h', 0, "logical",   "this help"
),ncol=5,byrow=T)

opt = getopt(spec);

if (!is.null(opt$help) || is.null(opt$in)) {
    cat(paste(getopt(spec, usage=T),"\n"));
    q();
}

回复于 2024-04-28T17:56:17+08:00

0

你需要littler（发音为'little r'）

德克将在大约15分钟内完成;）

回复于 2024-04-28T17:56:17+08:00

由于 optparse 已在答案中多次提及，并且它提供了一个用于命令行处理的综合工具包，下面是一个简短的示例，说明如何使用它，假设输入文件存在：

script.R:

library(optparse)

option_list <- list(
  make_option(c("-n", "--count_lines"), action="store_true", default=FALSE,
    help="Count the line numbers [default]"),
  make_option(c("-f", "--factor"), type="integer", default=3,
    help="Multiply output by this number [default %default]")
)

parser <- OptionParser(usage="%prog [options] file", option_list=option_list)

args <- parse_args(parser, positional_arguments = 1)
opt <- args$options
file <- args$args

if(opt$count_lines) {
  print(paste(length(readLines(file)) * opt$factor))
}

给定一个23行的任意文件 blah.txt .

在命令行上：

Rscript script.R -h 输出

Usage: script.R [options] file


Options:
        -n, --count_lines
                Count the line numbers [default]

        -f FACTOR, --factor=FACTOR
                Multiply output by this number [default 3]

        -h, --help
                Show this help message and exit

Rscript script.R -n blah.txt 输出 [1] "69"

Rscript script.R -n -f 5 blah.txt 输出 [1] "115"

回复于 2024-04-28T17:56:17+08:00

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在bash中，您可以构建如下命令行：
```
$ z=10
$ echo $z
10
$ Rscript -e "args<-commandArgs(TRUE);x=args[1]:args[2];x;mean(x);sd(x)" 1 $z
 [1]  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10
[1] 5.5
[1] 3.027650
$
```
您可以看到变量 $z 被bash shell替换为"10"，该值由 commandArgs 拾取并输入 args[2] ，并且R成功执行范围命令 x=1:10 等 .
回复于 2024-04-28T17:56:17+08:00
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仅供参考：有一个函数args（），它检索R函数的参数，不要与名为args的参数向量混淆

回复于 2024-04-28T17:56:17+08:00
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如果需要使用flags指定选项（如-h， - help， - number = 42等），可以使用R包optparse（受Python启发）：http://cran.r-project.org/web/packages/optparse/vignettes/optparse.pdf .

至少这是我如何理解你的问题，因为我在寻找bash getopt或perl Getopt，或python argparse和optparse的等价物时发现了这篇文章 .

回复于 2024-04-28T17:56:17+08:00

我只是组建了一个很好的数据结构和处理链来生成这种切换行为，不需要库 . 我相信它已经被多次实现了，并且遇到了这个寻找示例的线程 - 我以为我会参与其中 .

我甚至没有特别需要标志（这里唯一的标志是调试模式，创建一个我检查的变量作为启动下游函数的条件 if (!exists(debug.mode)) {...} else {print(variables)}) . 检查下面的 lapply 语句的标志产生如下：

if ("--debug" %in% args) debug.mode <- T
if ("-h" %in% args || "--help" %in% args)

其中 args 是从命令行参数读入的变量（一个字符向量，例如当您提供这些参数时等效于 c('--debug','--help') ）

它可以重用于任何其他标志，并且您可以避免所有重复，并且没有库，因此没有依赖项：

args <- commandArgs(TRUE)

flag.details <- list(
"debug" = list(
  def = "Print variables rather than executing function XYZ...",
  flag = "--debug",
  output = "debug.mode <- T"),
"help" = list(
  def = "Display flag definitions",
  flag = c("-h","--help"),
  output = "cat(help.prompt)") )

flag.conditions <- lapply(flag.details, function(x) {
  paste0(paste0('"',x$flag,'"'), sep = " %in% args", collapse = " || ")
})
flag.truth.table <- unlist(lapply(flag.conditions, function(x) {
  if (eval(parse(text = x))) {
    return(T)
  } else return(F)
}))

help.prompts <- lapply(names(flag.truth.table), function(x){
# joins 2-space-separatated flags with a tab-space to the flag description
  paste0(c(paste0(flag.details[x][[1]][['flag']], collapse="  "),
  flag.details[x][[1]][['def']]), collapse="\t")
} )

help.prompt <- paste(c(unlist(help.prompts),''),collapse="\n\n")

# The following lines handle the flags, running the corresponding 'output' entry in flag.details for any supplied
flag.output <- unlist(lapply(names(flag.truth.table), function(x){
  if (flag.truth.table[x]) return(flag.details[x][[1]][['output']])
}))
eval(parse(text = flag.output))

请注意，在 flag.details 中，命令存储为字符串，然后使用 eval(parse(text = '...')) 进行评估 . 对于任何严肃的脚本来说，Optparse显然是理想的，但有时候功能最少的代码也很好 .

样品输出：

$ Rscript check_mail.Rscript --help
--debug Print  variables rather than executing function XYZ...

-h  --help  Display flag definitions

回复于 2024-04-28T17:56:17+08:00

如何从R脚本中读取命令行参数？

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