共同性被定义为链接节点之间的Pearson相关系数 . 例如,对于通过公式获得的小图g:
g=graph.formula(1-2,2-3,3-4,2-5)
其边缘列表具有以下形式:
[,1] [,2]
[1,] 1 2
[2,] 2 3
[3,] 2 5
[4,] 3 4
链接节点的程度具有以下值:
[,1] [,2]
[1,] 1 3
[2,] 3 2
[3,] 3 1
[4,] 2 1
可以很容易地计算出上述矩阵的第一列和第二列之间的Pearson相关系数等于:
cor(c(1,3,3,2),c(3,2,1,1))=-0.6363636
另一方面,igraph中的功能配合产生了 Value :
assortativity(g, types1=degree(g),directed=FALSE)=-0.6666667.
如何解释这种不一致? igraph手册中关于功能兼容性的符号对我来说并不清楚 . 我们可以“手动”测量协调性,即对与链接顶点对应的两个度序列使用函数cor()吗?