我可以下载并成功测试NiftyNet的NiftyNet包 . 然而,这只给了我预训练网络的最终分割结果,而我也需要访问中间层的输出 .
根据此演示,以下行下载预先训练的模型和测试MR卷:
wget -c https://www.dropbox.com/s/rxhluo9sub7ewlp/parcellation_demo.tar.gz -P ${demopath}
其中 ${demopath}
是演示文件夹的路径 . 提取下载的文件将创建一个 .ckpt
文件,该文件似乎包含预先训练的张量流模型,但我无法将其加载到张量流会话中 .
有没有办法可以加载预先训练过的模型,并可以访问所有中间激活图?换句话说,如何将预先训练的模型从NiftyNet库加载到张量流会话中,以便我可以通过模型探索或探测任何给定输入图像的某个中间层?
最后,在NiftyNet的网站上提到“在NiftyNet框架中已经(重新)实现了文献中的一些模型” . 这些模型的预训练重量是否也可用?该演示使用名为HighRes3DNet的预训练模型 . 如果其他模型的预训练权重也可用,那么下载这些权重或保存的张量流模型的链接是什么?
1 回答
为了首先回答您的“最终”问题,NiftyNet实施了一些网络架构(例如,VNet,UNet,DeepMedic,HighRes3DNet),您可以根据自己的数据进行训练 . 对于其中的一些,对于某些应用存在预训练的权重(例如,使用HighRes3DNet的脑分割和使用DenseVNet的腹部CT分割) .
这些预先训练过的权重中的一些与演示相关联,例如您链接的分段 . 我们开始将预先训练的模型收集到model zoo中,但这仍然是一项正在进行中的工作 .
Eli Gibson [NiftyNet开发者]