R Studio：叠加热图-Java 学习之路

我对编码很新，遇到了一个我无法在互联网上找到解决方案的问题 .

我有两个数据矩阵，我想将它们组合成一个热图 . 基质包含细胞的红色和绿色荧光强度 . 我希望热图颜色能够反映两种荧光强度（当两者都是低时为白色或黑色，红色为高时为红色，绿色为高时为绿色，两者为低时为黄色） .

根据红色和绿色之间的比例创建热图与我想要的类似，但不提供有关绝对荧光强度的任何信息 .

我可以制作两个单独的热图并将它们叠加在Illustrator中，但是这个1.不太优雅，2 . 不允许我聚类细胞和3.当在插图画家中使颜色透明时，红色和绿色的组合变为棕色不是黄色，两种颜色都非常微弱 .

我现在试图将我所拥有的两个值汇总为一个值 . 据我所知，这只能通过创建RGB值来实现 . 但是现在我有每个时间点的RGB值，我无法将它们变成情节 .

Code:

绘制热图中的比率：

heatmap.2(ratio_narm,
      trace="none",
      col = col,
      breaks = breaks,
      dendrogram='none',
      Rowv="NA",
      )

用ggplot绘制（融化的）RGB数据：

ggplot(data=RGB, aes(x=RGB$Timepoint, y=RGB$`Track ID`, fill=RGB$`RGB value`))

1 回答

你可以遵循这种方法 . 它将在两个矩阵中找到低值或高值并设置预定义值 .

# data
set.seed(12385)
m1 <- matrix(runif(100),10,10)
m2 <- matrix(runif(100),10,10)
# thresholds
low <- 0.2
high <- 0.8
# matrix with values 0 (both are low), 0.5 (both are average), 1 (both are high)
m3 <- matrix(rep(0.5,100),10,10)
# set the groups by filtering
m3[ m1 < low & m2 < low ] <- 0
m3[ m1 > high & m2 > high ] <- 1
# low in m1, not considering m2
m3[ m1 < low  ] <- 0.75
# or low in m1, but normal in m2
m3[ m1 < low & (m2 > low & m2 < high) ] <- 0.75
# ... you can define more conditions as you like

# plot the heatmap
heatmap.2(m3,
          scale="none",trace="none",
          col = c("black","grey","red","yellow"))

回复于 2024-05-02T08:48:47+08:00

R Studio：叠加热图

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