当我在Windows上使用rstan时，我有以下Stan代码可以正常工作 . 但是，当在具有Linux（CentOS 6）的集群上运行时，它会抛出一个非常长的错误，包括~500行，我猜，Rcpp代码，最后一个块如下：
compileCode中的错误（f，代码，语言=语言，详细=详细）：编译错误，未创建的函数/方法！在/scratch/user/siamak/R_libs/StanHeaders/include/stan/math/rev/mat.hpp(15）中包含的文件中，来自/scratch/user/siamak/R_libs/StanHeaders/include/stan/math.hpp（ 4），来自/scratch/user/siamak/R_libs/StanHeaders/include/src/stan/model/model_header.hpp(4），来自file6ff02c925624.cpp（8）：/ general / software / x86_64 / tamusc / R_tamu / R_LIBS /3.3.2-iomkl-2017A-Python-2.7.12-default-mt/RcppEigen/include/Eigen/src/Cholesky/LLT.h(57）：错误：类“Eigen :: Ref>”没有成员“选项“Options = MatrixType :: Options，^在类实例化期间检测到”Eigen :: LLT <_MatrixType，_UpLo> [with MatrixType = Eigen :: Ref>， UpLo = 1]“在”/ scratch / user /“的第247行siamak / R_libs / StanHeaders / include / stan / math / rev / mat / fun / cholesky_decompose.hpp“包含在文件中另外：警告信息：运行命令'/sw/eb/software/R/3.3.2-iomkl- 2017A-Python-2.7.12-default-mt / lib64 / R / bin / R CMD SHLIB file6ff02c925624.cpp 2> file6ff02c925624.cpp.err.txt'状态为1
任何意见？
data{
int<lower=0> n; //number of points
int<lower=1> d; //dimension
int<lower=1> G; //number of groups
int<lower=0> M;
int<lower=1> Jg[M];
int<lower=1> Start[G];
int<lower=1> End[G];
int<lower=1,upper=G> Ig[n];
matrix[d,n] X;
cov_matrix[d] Lambda;
real<lower=d-1> nu;
cov_matrix[d] B;
vector[d] m;
}
parameters{
vector[d] mu; //mean
cov_matrix[d] Sigma; //covariance
}
model{
//prior
Sigma ~ inv_wishart(nu,Lambda);
mu ~ multi_normal(m,B);
//likelihood
for (i in 1:n){
X[Jg[Start[Ig[i]]:End[Ig[i]]],i] ~
multi_normal(mu[Jg[Start[Ig[i]]:End[Ig[i]]]],
Sigma[Jg[Start[Ig[i]]:End[Ig[i]]],Jg[Start[Ig[i]]:End[Ig[i]]]]);
}
}
1 回答
问题是gcc6编译器 . 我从源头重新安装了rstan和Rcpp软件包并解决了问题！