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散点基因表达图微阵列数据

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我的问题是如何使散点图显示过表达和表达不足基因的颜色 . 此时散点图仅显示黑色 . 我想在图上用红色过度表达的基因和低表达的蓝色基因表示 . 我附上了散点图的快照和 . 我需要有关代码的帮助 . 它在R中 . 此代码生成散点图,仅显示黑色的所有内容 .

散点图显示一组与另一组

dataA <- rowMeans(filtered_condensed$E[,7:9])
dataB <- rowMeans(filtered_condensed$E[,10:12])

par(family="mono")

meanX = dataA
meanY= dataB


plot(meanX, meanY, main = "Expression in OPCs vs oligodendrocyte ",
    xlab="OPCs log2 expression: group1", ylab="oligodendrocyte log2 expression: group2", cex=0.5, cex.lab= 0.9, title(cex.main=2, font.main=7))
abline(-1, 1, col='purple', lty="dashed")
abline(1, 1, col="purple", lty="dashed")

image output

1 回答

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    我将在这里添加一些示例数据进行测试:

    set.seed(23)
    meanX <- runif(1000)
    meanY <- meanX + rnorm(1000)
    

    由于您在不同的截距处有1的斜率,因此您可以通过查看X和Y值之间的差异来轻松计算线上方和下方的斜率 . 然后我在极端值的顶部绘制了彩色点

    plot(meanX, meanY, main = "Expression in OPCs vs oligodendrocyte ",
        xlab="OPCs log2 expression: group1", 
        ylab="oligodendrocyte log2 expression: group2", 
        cex=0.5, cex.lab= 0.9, title(cex.main=2, font.main=7))
    abline(-1, 1, col='purple', lty="dashed")
    abline(1, 1, col="purple", lty="dashed")
    above <- meanY-meanX > 1
    points(meanX[above], meanY[above], col="red", cex=0.5)
    below <- meanY-meanX < -1
    points(meanX[below], meanY[below], col="blue", cex=0.5)
    

    这产生了以下图表

    enter image description here

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