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Rstudio中的源.bashrc

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我刚刚在Ubuntu 18.04 LTS中本地安装了一些Perl模块 .

当像这样使用RStudio Server调用它们时

system("perl -MBio::TreeIO -e 1")

我收到以下错误

无法在@INC中找到Bio / TreeIO.pm（您可能需要安装Bio :: TreeIO模块）（@INC包含：/ etc / perl / usr / local / lib / x86_64-linux-gnu / perl / 5.26.1 /usr/local/share/perl/5.26.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl5/5.26 / usr / share / perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.26 / usr / share / perl / 5.26 / usr / local / lib / site_perl / usr / lib / x86_64-linux-gnu / perl-base）

当我在终端的时候一切都还好 .

我尝试创建一个包含以下内容的 ~/.Rprofile ：

system(". ~/.bashrc")

但没有好处 .

r perl ubuntu perl-module rstudio-server

1 回答

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    根据通过在R shell中运行 help(Startup) 访问的文档，您应该在主目录中创建一个文件 .Renviron ，该文件将在启动新的R会话时读取 . 例如：

    .Renviron

    FOOBAR=/foo/bar/foo/bar

    R shell

    R
R version 3.2.3 (2015-12-10) -- "Wooden Christmas-Tree"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
...

> cat(Sys.getenv("FOOBAR"), "\n")
/foo/bar/foo/bar

    因此，只需创建 .Renviron 文件，并将 PERL5LIB 变量设置为本地perl软件包安装目录 .

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