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重新安装GNU R中的所有包

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有时，你遇到了一个问题，在GNU R中Hadley Wickham recommends：

我建议您重新安装所有软件包 .

问题是如何以最好的方式做到这一点 . 我知道install.packages将overwrite existing versions .

当只使用CRAN包时（GitHub或其他来源没什么特别的），这种天真的方法对我有用：

my.packages <- rownames(installed.packages());
install.packages(my.packages);

但是，如果我有installed dev versions from GitHub，或者使用了一些未公开共享的本地软件包，我该怎么办？

我正在寻找的方法是：

  • 检查新安装对软件包的更改（升级/降级）

  • 从同一来源再次安装包

  • 备份我的旧包文件夹

是否有可以满足这些要求的脚本？

r cran

2 回答

  • 1

    （（1）的部分解决方案 - 找出将升级/降级的软件包）

    my.packages <- installed.packages();
my.avail <- available.packages();

z <- merge(
      my.packages[,c("Package","Version")],
      my.avail[,c("Package","Version")],
      by = "Package", suffixes = c('.my','.avail'));

z$Version.my <- as.character(z$Version.my)
z$Version.avail <- as.character(z$Version.avail)

# my packages which will be upgraded
subset(z, Version.my < Version.avail)

# my packages that will be downgraded
subset(z, Version.my > Version.avail)

    我认为这只是近似的 - 取决于依赖关系，您可能无法获得所有升级 . 但是如果使用开发版本，你会看到降级的预期吗？

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  • 1

    您可以尝试以下方法 .

    libLoc<-.libPaths()[1]
update.packages(lib.loc = libLoc, instlib = libLoc, checkBuilt = TRUE, ask = FALSE)

    这里 lib.loc 是您要更新的现有软件包的位置， instlib 是新软件包的位置（在上面的示例代码段中相同） . 如果要更新所有现有软件包（不仅仅是 libLoc 中的软件包），而是将所有新更新的软件包放在 instlib 位置，请避免传递 lib.loc 或将其设置为 NULL . 有关更多信息，请查看 update.packages 功能的文档 .

    当我遇到包装问题时我使用了这个，并且在我拥有有限权限的远程系统上从旧版本升级到R-3.5之后不得不重新安装它们 .

    希望这可以帮助 .

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