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SPARQL 获取所有节点的所有父节点

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我一直在使用这篇文章来获取单个 RDF 节点的父级或谱系：SPARQL 查询以获取节点的所有父节点

这在我的 virtuoso 服务器上很好用。抱歉，找不到包含具有类似结构的数据的公共端点。

prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
prefix bto: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
select (group_concat(distinct ?midlab ; separator = "|") AS ?lineage)
where
{ 
  bto:BTO_0000207 rdfs:subClassOf* ?mid .
  ?mid rdfs:subClassOf* ?class .
  ?mid rdfs:label ?midlab .
}
group by ?lineage
order by (count(?mid) as ?ordercount)

给

+---------------------------------------------------------+
|                         lineage                         |
+---------------------------------------------------------+
| bone|cartilage|connective tissue|tibia|tibial cartilage |
+---------------------------------------------------------+

然后我想知道我是否可以通过将选择更改为来获取所有节点的血统

select ?s (group_concat(distinct ?midlab ; separator = "|") AS ?lineage)

和 where 语句中的第一行

?s rdfs:subClassOf* ?mid .

那些拥有更多 SPARQL 经验的人可能不会对查询超时感到惊讶。

这是一种合理的方法吗？我在语法上做错了吗？

我怀疑 distinct 关键字或 group 子句是瓶颈，因为这只需要一两秒钟：

prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
prefix bto: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
select ?s ?midlab
where
{ 
  ?s rdfs:subClassOf* ?mid .
  ?mid rdfs:subClassOf* ?class .
  ?mid rdfs:label ?midlab .
  ?s <http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#hasOBONamespace> "BrendaTissueOBO"^^<http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string> .
}
rdf sparql virtuoso

1 回答

  • 2

    您的第一个查询不合法。你可以在sparql.org 的查询验证器查询。虽然您可以按计数(？mid)**进行排序，但您无法将值绑定到变量并在同一子句中按顺序排序。那会给你：

    select (group_concat(distinct ?midlab ; separator = "|") AS ?lineage)
where
{ 
  bto:BTO_0000207 rdfs:subClassOf* ?mid .
  ?mid rdfs:subClassOf* ?class .
  ?mid rdfs:label ?midlab .
}
group by ?lineage
order by count(?mid)

    现在，这是合法的，但它没有那么多意义。 group_concat要求您有一些组，并且您将对每个组中的值进行连接。在没有group by子句的情况下，你会得到一个隐含的组，所以没有组的group_concat就可以了。但是你有一个由血统组成的组，这并没有多大意义，因为？血统每组只有一个值(因为它已经是一个聚合).更好的是by by** s，如下所示。这似乎更正确，可能不会超时：

    select ?s (group_concat(distinct ?midlab ; separator = "|") AS ?lineage)
where
{ 
  ?s rdfs:subClassOf* ?mid .
  ?mid rdfs:subClassOf* ?class .
  ?mid rdfs:label ?midlab .
}
group by ?s
order by count(?mid)
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