openmpi：如何将一个未连接的数据块从一个级别发送到所有其他级别？-Java 学习之路

我正在寻找一种MPI功能/方法，允许从一个进程向所有其他进程提供多个数据块 . 与MPI_Bcast类似，但同时有多个块？

我在根级别上有一个碎片数据块：

#define BLOCKS 5
#define BLOCKSIZE 10000

char *datablock[BLOCKS];
int i;
for (i=0; i<BLOCKS; i++) datablock[i] = (char*)malloc(BLOCKSIZE*sizeof(char))

这只是一个例子，但很明显BLOCKS不是必须相邻的 . 我希望这个数据块传递给所有其他级别（我已经准备好了必要的内存来存储它） .

我注意到有一些方法，如MPI_Gatherv或MPI_Scatterv允许使用置换数组收集或散布碎片数据，问题是散布将每个碎片发送到不同的等级，我需要将所有碎片发送到所有其他等级，类似于带有位移信息的MPI_Bcast，如MPI_Bcastv .

一种解决方案是拥有多个MPI_Bcast调用（每个块一个），但我不确定这是否是执行此操作的最佳方法 .

更新：我将在这里尝试MPI_Ibcast方法，我希望我认为应该工作：

int rank; // rank id
int blocksize = 10000;
int blocknum = 200;
char **datablock = NULL;
char *recvblock = NULL;
MPI_Request *request;
request = (MPI_Request *)malloc(blocknum*sizeof(MPI_Request));
if(rank == 0) {
    // this is just an example in practice those blocks are created one the fly as soon as the last block is filled
    datablock = (char**)malloc(blocknum*sizeof(char*));
    for (i=0; i<BLOCKS; i++) datablock[i] = (char*)malloc(blocksize*sizeof(char));
    for (i=0; i<blocknum; i++)
        MPI_Ibcast(datablock[i], blocksize, MPI_CHAR, 0, MPI_COMM_WORLD, request[i]);
} else {
    // for this example the other threads know allreay how many blocks the rank 0 has created, in practice this information is broadcasted via MPI before the MPI_Ibcast call
    recvblock = (*char)malloc(blocksize*blocknum*sizeof(char));
    for (i=0; i<blocknum; i++)
        MPI_Ibcast(recvblock+i*(blocksize), blocksize, MPI_CHAR, 0, MPI_COMM_WORLD, request[i]);
}
MPI_Waitall(blocknum, request, MPI_STATUSES_IGNORE);

所以，有一个MPI_Waitall缺失，我不知道如何使用它，有一个计数，一组请求和一系列状态需要！？

我对根和其他等级有不同的MPI_Ibcast的原因是，发送缓冲区与接收缓冲区不同 .

另一个问题是，我是否需要对for循环中的每个MPI_Ibcast进行不同的请求，或者我可以重用MPI_request变量，就像我在上面的示例中所做的那样？

UPDATE2：所以我更新了这个例子，我现在使用MPI_Request指针！然后我在定义之后通过malloc调用初始化，这似乎很奇怪我想但这仅仅是一个例子，在实践中所需的请求数量仅在运行时才知道 . 我特别担心如果我可以在这里使用sizeof（MPI_Request）或者这是有问题的，因为这不是标准数据类型？

除此之外，这个例子是正确的吗？如果我想使用MPI_Ibcast，这是一个很好的解决方案吗？

1 回答

序列化是个好主意吗？例如，您可以将多个缓冲区复制到一个缓冲区中，然后将其广播，然后在接收方进行解压缩 . It is the way boost.mpi handles complex objects (in c++)
或者，您可以对 MPI_Bcast() 的非阻塞版本使用多次调用： MPI_Ibcast() ，然后调用 MPI_Waitall() .
请注意，您描述的数据看起来像2D数组 . 有一种方法可以以不同的方式分配它，以便整个数据在内存中是连续的：

int block=42;
int blocksize=42;
char **array=malloc(block*sizeof(char*));
if(array==NULL){fprintf(stderr,"malloc failed\n";exit(1);}
array[0]=malloc(block*blocksize*sizeof(char));
if(array[0]==NULL){fprintf(stderr,"malloc failed\n";exit(1);}
int i;
for(i=1;i<block;i++){
    array[i]=&array[0][i*blocksize];
}

然后，对 MPI_Bcast() 的单个调用足以扩展整个数组：

MPI_Bcast(array[0], block*blocksize, MPI_CHAR,0, MPI_COMM_WORLD);

编辑：这是一个基于您的代码的解决方案，由 mpicc main.c -o main -Wall 编译并由 mpirun -np 4 main 运行：

#include <mpi.h>
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>

int main(int argc,char *argv[])
{

    int  size, rank;
    MPI_Init(&argc,&argv);
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD,&rank);
    MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD,&size);    

    int i;
    int blocksize = 10000;
    int blocknum = 200;
    char **datablock = NULL;
    char *recvblock = NULL;
    MPI_Request requests[blocknum];
    MPI_Status status[blocknum];

    if(rank == 0) {
        // this is just an example in practice those blocks are created one the fly as soon as the last block is filled
        datablock = malloc(blocknum*sizeof(char*));
        if(datablock==NULL){fprintf(stderr,"malloc failed\n"); exit(1);}
        for (i=0; i<blocknum; i++){
            datablock[i] = (char*)malloc(blocksize*sizeof(char));
            if(datablock[i]==NULL){fprintf(stderr,"malloc failed\n"); exit(1);}
            datablock[i][0]=i%64;
        }
        for (i=0; i<blocknum; i++)
            MPI_Ibcast(datablock[i], blocksize, MPI_CHAR, 0, MPI_COMM_WORLD, &requests[i]);


    } else {
        // for this example the other threads know allreay how many blocks the rank 0 has created, in practice this information is broadcasted via MPI before the MPI_Ibcast call
        recvblock = malloc(blocksize*blocknum*sizeof(char));
        if(recvblock==NULL){fprintf(stderr,"malloc failed\n"); exit(1);}
        for (i=0; i<blocknum; i++)
            MPI_Ibcast(recvblock+i*(blocksize), blocksize, MPI_CHAR, 0, MPI_COMM_WORLD, &requests[i]);
    }

    int ierr=MPI_Waitall(blocknum, requests, status); 
    if(ierr!=MPI_SUCCESS){fprintf(stderr,"MPI_Waitall() failed rank %d\n",rank);exit(1);}


    if(rank==0){
        for(i=0;i<blocknum;i++){
            free(datablock[i]);
        }
        free(datablock);
    }else{
        for(i=0;i<blocknum;i++){
            if(recvblock[i*(blocksize)]!=i%64){
                printf("communcation problem ! %d %d %d\n",rank,i, recvblock[i*(blocksize)]);
            }
        }
        free(recvblock);
    }

    MPI_Finalize();
    return 0;
}

我相信最佳实现会在序列化和 MPI_IBcast() 之间混合，以限制内存占用量和消息数量 .

回复于 2024-04-28T10:17:19+08:00

openmpi：如何将一个未连接的数据块从一个级别发送到所有其他级别？

1 回答

相关问题