最后，考虑到我的情况，我决定让我的_590280更接近使它成为好的目标 reproducible research . 由于目前我没有使用 LaTeX 作为我的论文报告（虽然我正在考虑这个选项），我相信 knitr 是最好的方法 .
实施我的论文研究（数据分析）的实证部分的软件项目正在 R 中编写 . 该项目包含目录结构中的多个文件，这对于科学工作流程来说非常典型（顶级子目录： analysis, cache, data, figures, import, prepare, present, results, sandbox, utils ） .
我已经阅读了大量有关使用 knitr 进行自动生成报告和可重复研究的信息（包括示例） . 但是，我有点被大量的配置选项所淹没，更重要的是，在我这样的项目中使用 knitr 仍然感到困惑，包含 multiple files and directories . 特别是，我对 transitioning 现有代码库的框架和步骤的建议感兴趣，而 R 模块中没有太多修改 .
作为 example ，让我们考虑一下与探索性数据分析（EDA）相关的模块 . 我目前的EDA工作流程包括：
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初步数据，从原始原始数据转换（位于“数据/转换”子目录中）;
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模块“eda.R”，位于“分析”目录中;
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目录“results / eda”，其中我的当前代码生成单变量和多变量EDA的数字（SVG文件），以及具有相同图形信息的单个文档报告（PDF文件）（生成的描述性统计信息正在生成为运行“eda.R”脚本时的控制台输出 .
为了转换到基于 knitr 的项目，我创建了文件"eda-report.Rmd"，其中包含 R Markdown 语句，用于设置本地 knitr 选项，包括 read_chunk("eda.R") . 我的理解是，现在我需要在"eda.R"中将现有的 R 代码块定义为 knitr 块，然后根据我的EDA工作流程调用这些命名的块 .
Questions:
这是正确的方法吗？使用 knitr 设置项目路径的最佳实践是什么，使用 source() ，通过 gridExtra 对一些图表进行分组，以防止潜在问题？在我看来，除了"eda-report.Rmd"之外，我还需要创建另一个R模块，它将通过 knitr 启动 .Rmd 文件的处理 . 如果是，我应该使用哪个调用： rmarkdown::render() 或 knitr::knit() （当我使用 RStudio 进行开发时，我希望我的代码独立于开发环境）？
UPDATE 1 (Additional question):
为什么在 RStudio 中通过"Knit HTML"按钮处理 .Rmd 文件会产生 HTML 文档，而通过 Makefile 命令 Rscript -e 'library("knitr"); knit("eda-report.Rmd")' 处理产生 .md 文件，但不产生 HTML ，尽管存在 output: html_document 指令？
Thank you for reading this! Your advice will be greatly appreciated!
1 回答
为了将您的工作流程转换为使用knitr，我建议您应该从最有用的位开始，而不是尝试编写可重现的最后一段代码 .
由于knitr是一个报告生成工具，因此最好的起点是将您的论文写在knitr中 . （你提到你现在不使用LaTeX . 那很好：knitr也支持AsciiDoc，我发现它更容易编写 . 如果你的论文没有很多方程式或表格，你也可以放弃写入降价或纺织，更容易 . ）
同样，knitr适用于您可能编写的任何报告或论文 .
要获得更高级的用法，您可以使用knitr创建演示文稿 . （我有时会编写xhtml Slidy演示文稿 . ）
我不打扰的是试图编织所有的探索性数据分析 . 大多数事情你都值得付出额外的努力 . 尽可能快地集中精力进行探索，然后再编织有趣的部分 . 同样，数据清理通常不那么有趣，因此评论良好的代码通常就足够了 .
为了回答你关于目录结构的问题，我的偏好是因为knitr报告是针对最终输出的，所以它们应该远离更糟糕的探索性工作 . 也就是说，他们可以拥有自己的目录，并生成自己的数字副本 .