我有以下问题;两个目录包含：
- dir1：以下文件列表：
file1.fq file2.fq file3.fq
等等..
- dir2：以下文件：
file1.fq.sa file2.fq.sa file3.fq.sa
我要做的是运行一起使用file1.fq和file1.fq.sa的命令 .
我尝试过以下循环：
fq=dir1/*
sa=dir2/*
for fqfiles in $fq;
do
for sa_files in $sa;
do
mycommand ${sa_files} ${fqfiles} > ${sa_files}.cc &
done
done
问题是我的循环执行以下操作：
mycommand file1.fq.sa file1.fq > file1.fq.sa.cc #correct
但是也
mycommand file1.fq.sa file2.fq > file1.fq.sa.cc #wrong!
等等......几乎无限循环！
我希望我的循环可以产生类似的东西：
mycommand file1.fq.sa file1.fq > file1.fq.sa.cc
mycommand file2.fq.sa file2.fq > file2.fq.sa.cc
mycommand file3.fq.sa file3.fq > file3.fq.sa.cc
等等...
请你帮助我好吗？
谢谢！
法比奥
1 回答
你可以循环
dir1，在文件上使用basename然后用dir2加前缀并附加你需要的扩展名 . 您可能还希望检查第二个目录中的文件，并仅在两个文件都可用时运行命令如果您不想要目录部分，请改用此目录