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如何连接R与MySQL或如何安装RMySQL包？

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我是R的新手，我正在尝试将R连接到MySQL . 我已经为64位安装了 mysql-5.5.22-winx64 和 R-2.12.0 . 我已经设置 MYSQL_HOME environment path(C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5) 并尝试按照以下步骤操作：

  • 从这里安装最新的RTools

  • 安装MySQL或mysql的头文件和库文件

  • 创建或编辑文件 C:\Program Files\R\R-2.12.1\etc\Renviron.site 并添加类似 MYSQL_HOME=C:/mysql 的行（mysql文件的路径）

  • 从 mysql/lib 复制 libmysql.lib 到 mysql/lib/opt 以满足依赖关系 .

  • 复制 libmysql.dll 至 C:\Program Files\R\R-2.12.1\bin 或 windows/system32 directory .

  • 运行 install.packages('RMySQL',type='source') 并等待编译结束 . 但我仍然得到这个错误： -

*> install.packages('RMySQL',type='source')
 --- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
 trying URL 'http://ftp.iitm.ac.in/cran/src/contrib/RMySQL_0.9-3.tar.gz'
 Content type 'application/x-gzip' length 165363 bytes (161 Kb)
 opened URL
 downloaded 161 Kb

* installing *source* package 'RMySQL' ...
ERROR: configuration failed for package 'RMySQL'
* removing 'C:/PROGRA~1/R/R-212~1.0/library/RMySQL'
* restoring previous 'C:/PROGRA~1/R/R-212~1.0/library/RMySQL'

 The downloaded packages are in
  ‘C:\Users\sharad\AppData\Local\Temp\RtmpdQHwCb\downloaded_packages’
 Warning message:
      In install.packages("RMySQL", type = "source") :
installation of package 'RMySQL' had non-zero exit status*

请建议我如何解决这个问题？

最后我得到了解决方案： - 您可以在我的blog上详细查看解决方案 .

我在使用RMySQL包安装R的最后2天工作，最后得到了解决方案，这里是安装RMySQL包的步骤： -

  • 从以下链接下载软件：
* a. R2.13.2:  Download R from http://cran.stat.sfu.ca/index.html

    b. RTools 214:  Download RTools from http://cran.cict.fr

    c. RMySQL 0.8-0.tar.gz: Download RMySQL from 
     http://biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/main/RMySQL/RMySQL_0.8-0.tar.gz

    d. MySQL Server 5.0: download it from http://dev.mysql.com

    e. RSTUDIO (optional): download it from http://rstudio.org*
  • 设置以下环境变量
* a. MYSQL_HOME : <drive>/path to MySQL installation folder
         e.g. MYSQL_HOME= C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\  

      b. R_HOME: <drive>/path to R installation
         e.g. R_HOME=C:\Program Files\R\R-2.13.2\

       c. PATH: Modify path to accommodate the above variables. *

确保Windows PATH变量包含以下路径：\ Rtools \ 2.14 \ bin \ Rtools \ 2.14 \ MinGW \ bin \ Rtools \ 2.14 \ MinGW64 \ bin

  • 创建文件夹和复制文件
* a. OPT: Create a folder OPT under
             C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.5\lib and
         copy MYSQLLIB.LIB  the above path.
       Also copy libmysql.dll to
              <drive>\<path>\R\R-2.14.0\bin\(64 bit) Or
              <Drive>\<path>\R\R-2.14.0\bin\i386\ (32 bit) and
         to C:\Windows\System32.

      b. Renviron.site: create or edit a file 
              <DRIVE>\<path>\R\R-2.14.0\etc\Renviron.site and 
        add a line: 
          MYSQL_HOME =”C:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.5/”
        NB: USE FORWARD SLASH AND DOUBLE QUOTES HERE

      c. libMySQL.dll: Copy this file to
            C:\Program Files\R\R-2.13.2\bin\i386 as well as
            C:\Program Files\R\R-2.13.2\bin*
  • 运行命令

一个 . Install.Packages：单击桌面上的R图标或从“开始”菜单运行R GUI . 键入INSTALL.PACKAGES（“RMySQL”，type =“Sources”） . 这将从存储库下载所需的软件 .

湾命令提示符：复制下载的zip文件（在步骤4.a.中）并将其粘贴到R安装文件夹下 . 转到开始菜单并打开命令提示符 . 转到R安装文件夹，然后键入R CMD INSTALL RMySQL_0.8-0.tar.gz

*命令：

library（RMySQL）drv = dbDriver（“MySQL”）con = dbConnect（drv，host =“localhost”，dbname =“test”，user =“root”，pass =“root”）album = dbGetQuery（con，statement =“select * from t_master”）专辑*

mysql r installation rmysql

7 回答

  • 4

    这不是一个直接的答案，但你仍然可以发现它有用：

    • 使用更新版本的R（目前为2.15）

    • 在Windows平台上，我宁愿使用RODBC Windows MySQL驱动程序，除非您处于具有异构平台（即Linux和Windows）的环境中，其中代码在团队成员之间大量共享 . 甚至然后选择在同一个脚本中使用RMySQL和RODBC，具体取决于它运行的平台是一个简单的 if() {...} else {...}

    请注意，我并不是说没有成功的故事与你想要做的事情有关，但恕我直言，你将会更快地完成上述工作 .

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  • 10

    您现在可以跳过所有复杂的步骤，只需执行 install.packages("RMySQL")

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  • 0

    我周末在Mac OSX上遇到了一个黑客马拉松 - 尽管有一些参考资料（最后提到），我花了4个小时将所有东西拼凑在一起 . 我没有找到一个简单的步骤，所以我决定发布一个，虽然它在我心中是新鲜的 .

    我不确定它与Windows的兼容性，但希望这些说明也会让你更容易 .

    我试图让R和MySQL在本地环境中进行通信（可能需要对服务器环境进行更改） . 我使用XAMPP（虽然我没有使用RMySQL进行连接），但最后我能够使用PHP页面编写R文件，执行该文件，并将R写入MySQL表 . 据我所知，这仅适用于MacOSX ...

    所有使用的软件都是dmg格式，因此不需要二进制安装 .

    • Download R并运行一些基本命令以确保它有效 .

    • 在R中，您需要安装RODBC（如果您还没有） . 在R控制台中键入此项 .

    install.packages("RODBC")

    这会安装RODBC，但自从OS Mavericks以来，某些文件不再包含在内，因此您会收到错误消息

    找不到ODBC标头sql.h和sqlext.h

    并且您需要在正确的位置获取sql.h和sqlext.h文件 .

    要以最简单的方式执行此操作，请确保已安装homebrew（简单说明） . 然后在终端中使用此code进行安装 .

    完成后，再次进入R控制台

    install.packages("RODBC")

    • 搜索MySQL for the appropriate ODBC installation . 我正在运行Mac OSX 10.6，所以我下载了dmg并安装了它 . 这照顾好自己 .

    • 现在是棘手的部分 . 显然，Mac OX在最近的操作系统发布后取出了ODBC管理器，因此您需要下载ODBC管理器（http://www.odbcmanager.net/） . 它也是一个dmg文件，所以只需拖放到您的实用程序文件夹即可 .

    我在5.3.6 dmg安装时遇到了困难（保持失败），所以我安装了5.2.7 .

    • 打开ODBC管理器 . 您需要配置DSN，因此请单击“系统DSN”选项卡，然后单击“添加” .

    • 您将看到一个弹出窗口，要求您选择一个驱动程序 . 我的MySQL ODBC安装基于“MySQL ODBC 5.2驱动程序” . 单击“确定” . 如果没有看到驱动程序，则需要确认已安装MySQL ODBC .

    • 在下一个弹出窗口中，根据需要创建数据源名称（DSN） - 但请记住，这是您需要的名称用来从R调用 . 在下面的关键字区域（关键字将在引号中，值将在括号中），ADD

    “database”（包含数据库名称的值）

    “server”（对于本地环境不使用localhost - 而是使用本地IP地址127.0.0.1 . ***这是我的关键部分）

    “uid”（数据库用户ID）

    “pwd”（数据库密码）

    “socket”（不确定这是否是必需的，但经过多次教程后，它仍然留在我的配置中并且工作正常，所以也许你需要它 . 你可以在my.cnf找到你的套接字位置 - 做一个聚光灯搜索 . 套接字文件位置在CLIENT下）

    这是我的配置：

    DSN（“测试” - 这是在顶部）

    数据库（“电视”）

    socket（“/Applications/XAMPP/xamppfiles/var/mysql.sock”）

    uid（“root”）

    pwd（“”）

    服务器（“127.0.0.1”）

    • 在R中，执行下面 - 我相信每次启动R并在进行MySQL查询之前，都需要完成最后3个步骤 .

    库（RODBC）

    • 确保您已从XAMPP控制面板打开MySQL和Apache .

    • 然后执行

    odbcConnect（“test”） - 注意我在双引号中使用DSN的方式 . 必要时互换 .

    这应该让你开始运行 . 您可以阅读有关在R中进行MySQL查询的其他教程 .

    我从Stack Overflow（感谢所有人！），随机的其他网站/电子邮件交换历史以及Joseph Adler撰写的“R In A Nutshell”一书中的很多精彩文章中共同攻击了这一点，但如果我错过了某些内容，请告诉我不清楚 .

    祝好运！

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  • 0

    我也花了几个小时试图在Windows 10中完成这项工作，得到错误 . 我为RMySQL找到的修复程序既凌乱又复杂，但RODBC更加轻松，优雅地导致了解决方案 . 我有R，RStudio，MySQL服务器，MySQL Workbench，并且需要以下额外步骤才能使其工作：

    • 在RStudio中安装软件包 install.packages(RODBC)

    • 下载并安装MySQL ODBC连接器here

    • 配置MySQL ODBC连接器 . Here是一些指示 . 只需从Windows 10的开始屏幕搜索'ODBC'，它就会弹出该窗口 . 获取正确的连接参数并使用测试按钮确保它's working. It shows a list of your databases in a drop down menu once it connects. In 727334 give it a name which will go into the R script, say ' mysql_odbc'

    现在您可以连接，运行查询并断开连接：

    library(RODBC)
cursor <- odbcConnect("mysql_odbc", uid="root", pwd="HaysPuffyWalton5")
out <- sqlQuery(cursor, "SELECT * FROM emp WHERE deptno = 10");
close(cursor);
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  • 1

    这对我有用：使用Windows XP SP3 32位操作系统，R Studio，Rv2.15.3

    按照以下说明操作：http://biostat.mc.vanderbilt.edu/wiki/Main/RMySQL

    但是，如果您已下载MySQL版本5.6，则必须在此路径中复制 libmysql.lib present： D:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.6\lib 并创建一个新文件夹，如： D:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.6\lib\opt 并将上述 libmysql.lib 粘贴到 opt 文件夹中 . 然后 Renviron.site 文件将具有： MYSQL_HOME=D:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.6 . 请注意正斜杠 .

    最后按照上面链接中提供的install.packages行的说明进行操作 . 我不得不做几次试验才能最终得到它 .

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  • 0

    按照这里的指南：

    http://www.ahschulz.de/2013/07/23/installing-rmysql-under-windows/

    我跟着它，它就像一个魅力 . :)

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  • 0

    如果这个错误在R

    library(RMySQL)
#-----------
Loading required package: DBI

Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'RMySQL', details

  call: i$Location

  error: $ operator is invalid for atomic vectors

Error: package or namespace load failed for 'RMySQL'

    然后从外面R

    set MYSQL_HOME=F:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.6

    并返回内部：

    library(RMySQL)

#Loading required package: DBI
#MYSQL_HOME defined as F:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.6

    或者只是来自内部R.

    Sys.setenv(MYSQL_HOME = "F:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.6")
library(RMySQL)

#Loading required package: DBI
#MYSQL_HOME defined as F:/Program Files/MySQL/MySQL Server 5.6
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