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使用序列号更改fasta文件的 Headers

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如何使用awk / sed / grep更改文件中更多fasta序列的 Headers ，如：

>chromosome1|2199-2200
----------------------

>chromosome1|3546-3548
----------------------

>chromosome1|6489-6548
----------------------

对此：

>chromosome1-1|2199-2200
------------------------

>chromosome1-2|3546-3548
------------------------

>chromosome1-3|6489-6548
------------------------

目前我只需在名称的开头或结尾添加一个序号，如：

awk '/^>/{gsub(/^>/,">Seq"i++" ");}1'

>Seq1chromosome1|2199-2200
bash awk sed gsub fasta

1 回答

  • 2
    $ awk '/>/{sub(/\|/,"-"++i"|")}1' file
>chromosome1-1|2199-2200
----------------------

>chromosome1-2|3546-3548
----------------------

>chromosome1-3|6489-6548
----------------------
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