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    插入功能'train'袋装svm失败

    我在Ubuntu上使用bioconductor包 MLSeq 和R版本3.1.2 . 我试过了the example provided by the package,这工作得很好 . 但是,我想将 bagsvm 方法用于 classify 函数,所以在 chunk 14 ,我更改了代码 svm <- classify(data = data.trainS4, method = "s...
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    用NA值绘制置信区间

    我想使用 Gviz 包将置信区间绘制到具有NA的数据 . 我修改了手动示例来揭露我的问题 . 首先作为手册曝光: library(Gviz) ## Loading GRanges object data(twoGroups) ## Plot data without NAs dTrack <- DataTrack(twoGroups, name = "uniform"...
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    如何用lmer混合模型表示配对观察

    我是lmer的新手,我正在尝试生成一个混合模型,我在其中测试以下效果: 组(固定):2级 治疗(固定):2级(未刺激和刺激) 组*治疗 关于因变量“结果”,考虑“主体”的随机效应 . 在该实验中,两组中的每个受试者具有一个受刺激的臂和一个未刺激的受试者 . 到目前为止,我提出的模型是 lmer(Outcome ~ Group + Treatment + Group*Treatmen...
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    构建一个循环的系统发育树

    我有一个他们相关的基因和疾病表 . 我想构建一个系统发育树并将基因分组到他们的疾病 . 下面是一个样本数据集,其中gene1列属于疾病1,基因2属于疾病2.主要是gene1和gene2彼此相关,并映射到它们所属的疾病 . gene1 gene2 disease1 disease2 AGTR1 ACHE cancer tumor AGT...
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    R on MacOS错误:向量内存耗尽(达到限制?)

    我正在尝试运行R脚本(特别是,我正在使用Bioconductor包中的"getLineages"函数,Slingshot . 我想知道为什么当我使用这个函数时出现错误“向量内存耗尽(限制达到了?)”,因为与这个包中的其他函数相比,它似乎不是最耗费内存的函数(带有我正在分析的数据) . 我确实理解在Stackoverflow上还有其他类似的问题,但他们都建议切换到64位版本的R....
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    加载“oligo”Bioconductor包时出错

    在Windows XP上,更新到R 2.15.3并更新所有库后,我无法再从BioConductor加载“oligo”软件包 . 要重新创建: source("http://bioconductor.org/biocLite.R") #install the BioC installer biocLite("oligo") #download and ins...
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    在为R使用CMA Bioconductor软件包时解决SVM分类的交叉验证中的'model empty'错误

    我正在使用Bioconductor软件包CMA在微阵列数据集中对SVM分类器执行内部蒙特卡罗交叉验证(MCCV) . CMA内部使用e1071 R软件包进行SVM工作 . 数据集有45个样本(观察)的387个变量(属性),它们属于两个类别之一(标签0或1;比例约为1:1) . 所有数据都是数字的,没有NA . 我正在尝试使用limma statistics进行差异基因表达分析,为SVM选择15个...

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