首页 文章
  • 5 votes
     answers
     views

    lme4计算协方差的置信区间

    请参阅Ben Bolker 16/05/2016的答案,了解相应的解决方案 . OP下面 . 我正在使用lme4安装几个多级模型 . 我想报告随机效应的方差和协方差,并自动化这个过程 . 我知道我可以得到 as.data.frame(VarCorr(mymodel)) 的差异,我知道我可以用 confint(mymodel) 得到置信区间 . 很明显,我可以合并/绑定两个表,并通过简单地将 c...
  • 1 votes
     answers
     views

    R:纯固定效应模型中sigma的置信区间

    是否有一种标准的方法来估计具有固定效应的线性模型的方差参数的置信区间 . 例如 . 给定: reg=lm(formula = 100/mpg ~ disp + hp + wt + am, data = mtcars) 如何获得方差参数的置信区间 . confint只详细说明了固定效果,lme4中的lmer不接受没有level-2随机效果的模型,这就是我的情况 .
  • 1 votes
     answers
     views

    R-lmer以随机效果丢弃未使用的级别

    我在 lmer ( lme4 1.1-9)中调用 lFormula 函数来获得随机效应稀疏模型矩阵的转置( Zt ) . 问题是输出矩阵中未使用的级别被丢弃 . 有没有办法解决这个问题? 我意识到这个问题可能看起来很尴尬,所以here是一个关于GitHub Gist的例子,试图使用一个比观察更多级别的因子来拟合多成员模型 .
  • 0 votes
     answers
     views

    lmer错误:观察次数<随机效应数

    我试图运行 LMM 允许时间成为随机效果: lmer(efficacy ~ time + (1+time|id), data=long, REML=TRUE) 但是,我收到以下错误消息: 错误:观察次数(= 3948)&lt;=术语随机效应数(= 4496)(1次| id);随机效应参数和残差方差(或尺度参数)可能无法识别 我有三个时间点,但并非所有受试者都拥有所有3个时间点(磨损)的数据,...
  • 1 votes
     answers
     views

    用于预测逻辑广义线性混合模型(GLMM)的置信区间

    我正在运行一个逻辑广义线性混合模型,并希望将我的效果与置信区间一起绘制 . 我使用lme4包来适应我的模型: glmer (cbind(positive, negative) ~ F1 * F2 * F3 + V1 + F1 * I(V1^2) + V2 + F1 * I(V2^2) + V3 + I(V3^2) + V4 + I(V4^2) + F4 + (1|OLRE) + (1|ind),...
  • 3 votes
     answers
     views

    如何从lme4获得随机效应的协方差矩阵(BLUP /条件模式)

    所以,我在R中拟合了一个带有两个随机截距的线性混合模型: Y = X beta + Z b + e_i, 哪里 b ~ MVN (0, Sigma) ; X 和 Z 分别是固定和随机效应模型矩阵, beta 和 b 是固定效应参数和随机效应BLUP /条件模式 . 我想了解 b 的基础协方差矩阵,这在 lme4 包中似乎不是一件小事 . 您只能通过 VarCorr 获得方差,而不是实际的相关...
  • 0 votes
     answers
     views

    Cholesky改变了lmer中的残留物

    我目前正在使用线性混合模型(LMM),并希望执行一些残差分析 . 由于线性混合模型的残差“是相关的并且不一定具有恒定的方差”,因此它们不足以检查模型所依据的假设(Fitzmaurice等,2011,第266页) . 因此有人建议(Waternaux等人1989)使用Cholesky变换残差代替调查模型假设,参见Houseman等人 . (2004年)和Santos Nobre&da Motta ...
  • 0 votes
     answers
     views

    如何用lmer混合模型表示配对观察

    我是lmer的新手,我正在尝试生成一个混合模型,我在其中测试以下效果: 组(固定):2级 治疗(固定):2级(未刺激和刺激) 组*治疗 关于因变量“结果”,考虑“主体”的随机效应 . 在该实验中,两组中的每个受试者具有一个受刺激的臂和一个未刺激的受试者 . 到目前为止,我提出的模型是 lmer(Outcome ~ Group + Treatment + Group*Treatmen...
  • 0 votes
     answers
     views

    R:lmer编码所有多次治疗的受试者的(随机)不连续时间

    我有一组来自心理实验的数据,其中 subjects 被随机分配到四个 treatment 条件中的一个,并且在六个不同的场合测量它们的 Health 状况 w . 每次测量的确切 day 与受试者略有不同 . 所有受试者的第一次测量时机是第零天 . 我用lmer分析这个: model.a &lt;- lmer(w ~ day * treatment + (day | subject), RE...
  • 3 votes
     answers
     views

    如何将Afex或汽车ANOVA模型转换为lmer?观察到的变量

    在 afex 包中,我们可以找到ANOVA分析的这个例子: data(obk.long, package = &quot;afex&quot;) # estimate mixed ANOVA on the full design: # can be written in any of these ways: aov_car(value ~ treatment * gender + Error(...
  • 0 votes
     answers
     views

    绘制没有协方差矩阵的lmer模型

    我试图为纸张绘制一些lmer模型 . 我不得不通过降低随机斜率和截距之间的相关性来简化随机效应结构(Barr et al . ,2013) . 但是,当我尝试使用sjp.lmer函数绘图时,我收到以下错误: 数组中的错误(NA,c(J,K)):'dims'的长度不能为0另外:警告消息:在ranef.merMod中(对象,condVar = TRUE):条件差异当前没有通过ranef可用每个因素有多...
  • 1 votes
     answers
     views

    LMER:model.frame.default中的错误...变量长度不同(没有NA)

    我已经查看了与我类似的其他几个问题,one most relevant没有得到解答,而其他问题都归结为缺少数据和数据长度 . 我试图在经过一段时间的干扰之后模拟构图的陌生感 . 我在离散时间点采样:0,3,6和9个月 . 我对时间对恢复的固定影响感兴趣,但是在每个点,季节和其他环境变量都发生了变化,导致0,3,6和9个月之间的变异性不同,这反映在正常线性模型中的残差中 . 为了结合随机方差,同时还...
  • 1 votes
     answers
     views

    lme4未能在没有警告的情况下计算随机截距

    有一个特殊的问题,给定2个数据集具有相同的精确格式,2个模型指定完全相同的方式不产生相同的随机效果结构 . 数据的设计使得每个有48个独特的主题,每个主题在4个条件下具有单个观察 . 结果变量是'dv'列,预测变量是'cond'列,分组变量是'sub'列 . 第一个模型按预期运行,主题级随机截距,使用coef(模型)检查,而另一个假设所有主体的固定截距 . 尽管事实上两个模型的指定方式相同 . 没...
  • 1 votes
     answers
     views

    使用lme或lmer指定受试者内和受试者间ANOVA模型作为固定效应

    有没有办法指定双向ANOVA,一个受试者内预测因子和一个主体间预测因子使用lme(来自nlme)或lmer(来自lme4)?也许这是一个CrossValidated问题,但我不认为我对随机效应感兴趣,因为我不关心受试者内部的变异,也不关心对个别受试者的预测 . 我对平均受试者感兴趣,因此这应该是受试者内固定效应预测因子(即固定数量的水平)和受试者间固定效应预测因子 . 我不想要一个重复测量方差分析...
  • 0 votes
     answers
     views

    Stata命令的等效lmer规范

    我在混合模型上做一个Uni主题,其中主要统计数据包是Stata . 提供了一个示例来模拟协方差结构,而不适合任何实际的随机效应: mixed y sex age sex#c.age, || subj:, noconstant residuals(unstructured, t(t)) reml 其中 subject 是群集变量, t 是每个主题4个时间点的 y 值 . 输出包括固定效应参数,并且...
  • 0 votes
     answers
     views

    线性混合效应模型中的重要相互作用,但图表显示重叠置信度间隔?

    这是我第一次在stackoverflow上寻求帮助,所以请原谅我所犯的任何错误,如果需要进一步的信息,请发表评论 . 可悲的是,由于它们是保密的,我无法向您提供原始数据 . 我尽可能地向您展示数据的结构和我生成的结果 . 数据结构如下: GroupID Person Factor2 Factor1 Rating &lt;int&gt; &lt;int&gt; &lt;fctr&gt; ...
  • 0 votes
     answers
     views

    从lme4模型中删除交互项导致另一个分裂

    我将线性混合模型拟合到一些反应时间数据中 . 我预测来自以下变量的log-trasnformed反应时间: 顺序 - 主题之间,两个级别,效果编码 Alpha - 在主题内,六个级别,数字 方向 - 在主题内,两个级别(180/0),效果编码 范式 - 在主题内,两个层次,效果编码 . 我对使用这些固定效果和感兴趣的随机效果结构拟合我的模型没有任何问题: RT.log~命令*...
  • 1 votes
     answers
     views

    用于说明线性混合效应模型结果的图表 - 续

    我正在尝试创建一个类似于此处发现的情节:https://stats.stackexchange.com/questions/98958/plots-to-illustrate-results-of-linear-mixed-effect-model (为便于参考,以下是该链接的代码: library(nlme) fm2 &lt;- lme(distance ~ age + Sex, data = ...
  • 4 votes
     answers
     views

    来自lmList的广义线性模型的置信区间

    我正在尝试使用 lme4 包中的 lmList 计算具有通用模型的组的置信区间 . 它适用于普通线性模型,但在因变量是二分的时会失败 . 例如,这很好用: d &lt;- data.frame( g = sample(c(&quot;A&quot;,&quot;B&quot;,&quot;C&quot;,&quot;D&quot;,&quot;E&quot;), 250, replace=TR...
  • 1 votes
     answers
     views

    混合效应回归中预测概率的置信区间?

    我正在使用单个随机变量(使用glmer)进行混合效应逻辑回归模型,我正在努力寻找一种方法来产生预测概率和相应的95%CI . 我已经能够使用以下类型的代码为固定效果模型执行此操作: Call: glm(formula = survive/trials ~ class, family = binomial(logexp(vespdata$expos)), data = vespdata) ...
  • 0 votes
     answers
     views

    GLMM模型参数的自举置信区间

    我不确定如何生成使用GLMM时提示的置信区间 . 通常,如果它不是二项式,我会做这样的事情: library(boot) library(lme4) library(dplyr) dat &lt;- data.frame(x = runif(100, -2,2),ind = gl(n = 10, k = 10)) dat$y &lt;- 1 + 2 * dat$x + rnorm(10, 0, 1...
  • 1 votes
     answers
     views

    从模型平均混合广义线性模型(GLMM)获得预测值的标准误差

    我正在使用model.avg对由LMER派生的一组混合效果广义线性模型(GLMM)进行多模型推断 . 我可以使用PREDICT来获取预测值,但由于随机效应,无法获得这些预测值的标准误差: Error in predict.averaging(Mod.avg, newdata, se.fit = TRUE) : 'predict' for models '' caused errors In...
  • 0 votes
     answers
     views

    混合效应模型中的置信区间

    library(lme4) fm1 &lt;- lmer(Reaction ~ Days + (Days|Subject), data = sleepstudy) 要生成95%CI,我可以使用包 merTools 中的 predictInterval() 函数 . library(merTools) head(predictInterval(fm1, level = 0.95, seed = ...
  • 2 votes
     answers
     views

    GLMM中的置信区间

    我想为响应变量的一些解释变量(称为HUNTED)生成置信区间的值 . 数据大约是3个不同的时间周期 . 但是,当我使用代码:library(MASS)confint(allspecies4)时,我只收到错误消息(见下文) . 有谁知道如何改进我的脚本,以便我可以访问置信区间? Obs . :我的数据集太大了,我刚刚添加了它的一部分,这样你就可以理解它的分布情况了 . allspecies4&lt;...
  • 4 votes
     answers
     views

    lme4 - 超出最大功能评估数

    我用lme4运行一个简单的GLMM ... model1 &lt;- glmer.nb(S ~ Days*Grazing*Biome + (Days|Site), data=mydata, verbose=T, control=ctrl) ...并从bobyqa:&quot;bobyqa -- maximum number of function evaluations exceeded&qu...
  • 5 votes
     answers
     views

    glmer - 用二项式数据预测(cbind计数数据)

    我试图预测在我的二项式数据上运行的glmer模型随时间推移的值(x轴中的天数) . Total Alive和Total Dead是计数数据 . 这是我的模型,以及下面的相应步骤 . full.model.dredge&lt;-glmer(cbind(Total.Alive,Total.Dead)~(CO2.Treatment+Lime.Treatment+Day)^3+(Day|Containe...
  • 0 votes
     answers
     views

    R的可变长度不同(lme4的线性建模)

    我的输入文件: Treat1 Treat2 Batch gene1 gene2 High Low 1 92.73 4.00 Low Low 1 101.85 6.00 High High 1 136.00 4.00 Low High 1 104.00 3.00 H...
  • 0 votes
     answers
     views

    为什么截距不是连续预测值的均值为零?

    在Gelman&Hill一书中,描述了当您使用一个连续预测变量拟合线性回归时,截距应表示预测变量= = 0时的预测结果 . 有时这可能是有意义的,有时不是(或者只是以某种方式缩放预测器) . 如果预测因子是一个因子,那么截距应反映参考类别的平均值(至少在使用虚拟代码时) . 我目前正在处理sleepstudy数据,我不明白发生了什么,因为这不是这种情况 . 虽然我在线性混合模型中遇到了问题,但它也...
  • 2 votes
     answers
     views

    从具有随机截距的线性混合模型进行模拟

    我正在尝试扩展this question的答案:具体来说, how to build simulations for linear mixed effects models with a random intercept 'from scratch' (没有 simulate.merMod 或 arm ) . 我问,因为我有兴趣重新采样从拟合模型中获得的参数估计值来模拟 - 而不是预测 - 新值的...
  • 3 votes
     answers
     views

    glmer用户定义的链接函数给出错误:(maxstephalfit)PIRLS步长减半未能减少偏差

    在尝试利用具有随机效应glmer的用户定义链接函数时,我遇到了一个错误,我不知道如何排除故障: Error: (maxstephalfit) PIRLS step-halvings failed to reduce deviance in pwrssUpdate 有没有人对如何解决这个错误有任何建议?它没有提供太多方向 . 我已经尝试按照rpubs.com/bbolker/logregexp中所...

热门问题