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scipy.integrate.odeint是否可以输出内部计算
我需要从调用odeint传递内部计算 . 我通常在完成集成后再次重新计算值，但我更愿意在odeint的被调用函数中进行所有计算 . 我的问题在计算上并不重，因此在ode求解器内进行计算时可以获得额外的性能损失是可以接受的 . from scipy.integrate import odeint import numpy as np def eom(y, t): internal_calc... -
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如何利用scipy.optimize.rayleigh.pdf函数？ [等候接听]
对于我的作业，我已经使用matplotlib.pyplot绘制了一个已知的直方图（带有输出），并计算了pdf的最大似然参数 . 但是，我无法理解我需要适合的参数 . 我搜索了scipy库，但它没有提供太多帮助，因为它只给出了随机直方图的例子 . 我的问题是我应该在函数sts.rayleigh.pdf（z，loc =？，scale =？）中输入什么样的参数？ （z是我的数字数组，我计算了最大似然，我... -
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渲染Voronoi图到numpy数组
我想根据中心列表和图像大小生成Voronoi区域 . 我尝试了下一个代码，基于https://rosettacode.org/wiki/Voronoi_diagram def generate_voronoi_diagram(width, height, centers_x, centers_y): image = Image.new("RGB", (width, he... -
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在python中使用复杂函数拟合数据
我有一些数据，我试图适应模型 这是我的代码的相关部分 path='D:/ParPhy/2-BESIII15_new.dat' data = pd.read_table(path,header=None) y=np.array(data[1]) x=np.array(data[0]**(1/2)) s=x**2 def F_w(s,alpha,m_p,gamma_p): P_s=1+alph... -
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在2D阵列上的三个嵌套循环
我有一个2D数组，它基本上代表一个函数 F ，它取决于两个变量： F(V,T) . F(V,T) is a 2D array, represented as F_VT: F_VT = [[F(V1), F(V2), F3(V3), ..., F(V11)], -> values for T1 [F(V1), F(V2), F(V3)], ..., F(V11)], ... -
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使用Numpy查找3D点阵列中的所有4个共面点集
假设我有一个 n 3D点列表存储在一个形状为 (3, n) 的Numpy数组中 . 我想在该列表中找到所有4个点的集合，使得4个点是共面的 . 我怎样才能做到这一点？ 例如，给定一个 points 数组，其中包含在3D空间中围绕任意角度旋转的立方体的8个顶点（无特定顺序）： points = np.array([[ 0.8660254 , 0.8660254 , 0. , 0... -
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使用scipy时找不到模块
我最近正确安装了numpy和scipy . 以下行运行没有错误 . 导入scipy 我在使用scipy.io.wavefile时遇到了困难 . 我一直在尝试使用"best answer"的"best answer"中的代码 . 但是，当我尝试第一行时， from scipy.io import wavfile 我收到以下错误和追溯， Traceback... -
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有效地初始化一个numpy稀疏矩阵
我有一个数组，其中m行和数组作为值，它指示列的索引并且限制为大数n . 例如： Y = [[1,34,203,2032],...,[2984]] 现在我想要一种有效的方法来初始化具有维度m，n的稀疏numpy矩阵X和对应于Y的值（X [i，j] = 1，如果j在Y [i]中，否则= 0） . -
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在创建cutom连续分布时，使用scipy的rv_continuous方法
我试图计算 E[f(x)] 对于我从数据生成/估计的一些pdf . 它在文档中说： 子类化新的随机变量可以通过子类化rv_continuous类并重新定义至少_pdf或_cdf方法（标准化为位置0和标度1）来定义，该方法将被赋予干净的参数（在a和b之间）并传递参数检查方法 . 如果您的RV的正参数检查不正确，那么您还需要重新定义_argcheck方法 . 所以我分组并定义了_pdf，但每当我尝... -
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Scipy的解决方案？
我试图在数值上解决一个非线性方程组： def func(p): x, f = p return (math.exp(-x/O)-f, L - L*((1 - math.exp(-x/O))**W) - x*math.exp(-x/O)) 我正在以下列方式使用scipy.fsolve： x, f = fsolve(func, (10, 0.2)) 我确定我... -
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用scipy的curve_fit同时拟合两个函数
假设我已经定义了自变量 x 的两个实值函数和以下形式的一些参数： f(x, parameters) g(x, parameters) （或者：一个返回2元组实数的函数， (f(x),g(x)) ） . 我现在想使用scipy的 curve_fit 将曲线 simultaneously 拟合到两个数据数组 fdata 和 gdata 及其相关错误： fdata-err ， gdata-e... -
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对象太深了所需的数组 - scipy.integrate.odeint
我've just started with Python yesterday, and I' m使用 scipy.integrate.odeint 收到错误 . 我已经定义了一个函数 def SIR(x, t, beta, gamma, mu, M): 它取 numpy.array 个对象 x ， t 和 M ;和标量浮动 beta ， gamma 和 mu . M 的大小是 (60,60)... -
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scipy.integrate.odeint和scipy.integrate.ode有什么区别？
我已经阅读了这些here的文档，但它只是声明 odeint 是“基于来自ODEPACK的lsoda的简单接口的集成商” 实际差异是什么？在什么情况下使用比另一个更合适的？ -
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重写python scipy.integrate.odeint来模仿matlab ode15s
我是python的新手，想模仿python中的matlab ode15s而不是scipy的内置odeint . 代码最初是这样编写的： newRphi = odeint(PSP,Rphi,t,(b,k,F))[-1,:] 其中PSP定义为： def PSP(xx,t,b,k,F): R = xx[0] phi = xx[1] Rdot = sum([b[i]*R**(i+1) for i in ... -
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我可以将scipy.integrate.odeint限制为边界条件吗？
我想要一个自由落体的物体来“反弹” . 在一个简单的例子中，一个物体从初始高度下降 . 当它击中“地面”时，我希望它“反弹” . 在该示例中，对象以初始速度0下降并且以1g加速 . 有没有办法迫使odeint从'x'位置而不是经过一段时间后终止其“整合”？ 或者scipy是否提供了解决问题的更好方法？ import numpy as np import matplotlib.pyplot as p... -
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我可以与scipy的odeint集成，直到找到本地最大值？
这是我在这里的第一个问题，所以请放轻松我 . 我想知道是否有办法只集成ODE系统，直到找到指定变量的局部最大值 . 这里有一些更详细的信息： 我们称之为ODE系统 dX/dt = F(X) where X(t) = [x1(t), x2(t), ... , xn(t)] . 假设该系统的解决方案被吸引到稳定的极限周期C，但是在一个不稳定的固定点p处 . 选择一些初始条件X0而不是p，而不是C.我... -
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如何在路径关闭时让SciPy.integrate.odeint停止？
下面的脚本集成了封闭路径周围的磁场线，并在使用Python中的Runge-Kutta RK4在一定容差范围内恢复原始值时停止 . 我想使用 SciPy.integrate.odeint ，但我看不出当路径近似关闭时我怎么能告诉它停止 . 当然 odeint 可能比在Python中集成要快得多，我可以让它盲目地绕过并在结果中寻找结束，但是在未来我会做更大的问题 . 有没有办法可以实现“足够接近你好 ... -
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scipy.integrate.odeint根据时间步长失败
我使用python进行科学应用，尤其是用于求解微分方程 . 我已经在简单方程系统上成功使用了 odeint 函数 . 现在我的目标是解决一个由300多个方程组成的相当复杂的系统 . 此时，只要 t-array 中的时间步长等于或小于1e-3， odeint 函数就会给出合理的结果 . 但我需要更大的时间步骤，因为系统必须集成几千秒 . 较大的时间步长会产生"excess work don... -
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矩阵的所有行对的相关系数和p值
我有一个m行和n列的矩阵 data . 我曾经使用np.corrcoef来计算所有行对之间的相关系数： import numpy as np data = np.array([[0, 1, -1], [0, -1, 1]]) np.corrcoef(data) 现在我还想看看这些系数的p值 . np.corrcoef 不提供这些; scipy.stats.pearsonr . 但是， sc... -
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python - scipy.integrate.odeint返回错误的结果
我试图使用python 3.5和 scipy.integrate.odeint 函数集成方波，但结果没有任何意义，并且随着所选时间点数组的变化而变化很大 . 方波的周期为10秒，模拟运行100秒 . 由于时间点阵列的大小为500，因此方波的每个周期将有50个时间点，但这似乎不会发生 . 使用可选参数 hmax=0.02 修复它，但是不应该自动推断它？ 这是代码： import numpy as n... -
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使用`scipy.integrate.odeint`时出错
我正在使用函数 scipy.integrate.odeint ，但是我收到了意外错误 . 我的代码如下： import numpy as np from scipy.integrate import odeint def hyper_exp_ODE(y, s, λ, k, μ, p): F, H = y C_bar_s = 1 - (1 - F) **k rhs = [-... -
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scipy / sklearn稀疏矩阵分解用于文档分类
由于内存错误，我使用足够大的k执行.fit（）操作（最大的我只能占数据方差的25％） . 我尝试遵循sklearn分类here，但在进行KNN分类时仍然会耗尽内存 . I'd like to manually do an out-of-core matrix transformation to apply PCA/SVD to the matrix to reduce the dimensio... -
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使用具有sklearn亲和力传播的稀疏矩阵
我在使用scipy COO稀疏矩阵作为Affinity传播的输入时遇到了问题，但它与numpy数组完美配合 . 举个例子，说我的相似度矩阵是： [[1.0, 0.9, 0.2] [0.9, 1.0, 0.0] [0.2, 0.0, 1.0]] Numpy矩阵版 import numpy as np import sklearn.cluster simnp = np.array([[1,0.... -
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将自定义函数应用于sklearn中的稀疏矩阵
我正在研究一个情绪分析项目 . 我在sklearn上用了一袋文字 . 我想将行正常化，如下所示： a = [1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1] #a -> 4 non zero values 规范化的向量应该是： [0.25, 0.0, 0.25, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.25, 0.0, 0.25] 对于b - > 8个非零值： b... -
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用python求解一个超越方程组
假设我有以下四个方程式： cos（x）/ x = a cos（y）/ y = b a b = 1 c sinc（x）= d sinc（y） 对于未知变量 x, y, a 和 b . 请注意 cos(x)/x=a 有多个解决方案 . 类似于变量 y . 我只对 x 和 y 值感兴趣，这是第一个正面的根（如果重要的话） . 您可以安全地假设 a, b, c 和 d 是已知的实常... -
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重新排序矩阵元素以反映naiive python中的列和行聚类
我正在寻找一种在矩阵行上分别执行聚类的方法，而不是在其列上，重新排序矩阵中的数据以反映聚类并将它们放在一起 . 聚类问题很容易解决，树形图创建也是如此（例如在this blog或"Programming collective intelligence"中） . 但是，如何重新排序数据仍然不清楚 . 最后，我正在寻找一种使用朴素Python创建类似于下图的方法（使用任何"... -
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导入错误：没有名为numpy的模块
我有一个非常类似的问题this question，但仍落后一步 . 我的Windows 7（对不起）64位系统上只安装了一个版本的Python 3 . 我按照这个link安装numpy - 正如问题所示 . 安装顺利但我执行时 import numpy 我收到以下错误： 导入错误：没有名为numpy的模块 我知道这可能是一个超级基本的问题，但我还在学习 . 谢谢 -
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将闭合曲线拟合到一组点
我有一组点 pts 形成一个循环，它看起来像这样： 这有点类似于31243002，但是我不想在点对之间放置点，而是想在点之间插入一条平滑的曲线（坐标在问题的末尾给出），所以我尝试了类似于 scipy 文档的东西 . Interpolation： values = pts tck = interpolate.splrep(values[:,0], values[:,1], s=1) xnew =... -
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Python：查找任意曲线的拟合参数数量
有没有办法返回任意函数在其他文件中定义的参数个数？我已经尝试在inspect中使用Signature类，如下所示： from foo import func1, func2, func3 from inspect import signature from scipy.optimize import curve_fit func_list = [ func1, func2, func3 ] n... -
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scipy.integrate Pseudo-Voigt函数，积分变为0
我正在编写一个脚本，使用Scipy，Numpy和Matplotlib在Python中将峰形拟合到光谱数据 . 它可以同时适应多个峰值 . 峰值曲线（现在）是Pseudo-Voigt，它是高斯（aka Normal）和Lorentzian（aka Cauchy）分布的线性组合 . 我有一个选项开关，我可以让软件优化高斯和洛伦兹的贡献或将其设置为固定值（其中0 =纯高斯和1 =纯洛伦兹） . 按预期工...