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    向斯坦提供种子不保证相同的链

    我试图比较两个非常相同但略有不同的模型的运行时间 . 但是根据采样的随机数,链条总是会占用非常不同的时间 . 所以我试着解决这个问题,为 stan() 提供相同的 seed 参数 . 我试过两次运行相同的模型 . 不幸的是,我发现即使是相同的种子也不能保证这个过程会产生相同的样品!两条链中的链条运行时间也非常不同! 100 iterations, 50 warmup, 15 chains 1st...
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    混合帕累托和普通斯坦模型不起作用

    我正试图通过rstan学习斯坦(因为我熟悉R) . 我试过运行一个简单的混合Pareto和Normal模型 . 编译很好(据我所知),但它没有采样,给我错误: “尝试100次后,( - 2,2)之间的初始化失败 . 请尝试指定初始值,减少约束值的范围或重新参数化模型 . 调用采样器时发生错误;未完成抽样“ 我只想说我已经尝试了各种方法来参数化,并尝试设置初始值,但都无济于事 . 我的Rrstan...
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    Stan代码适用于Windows,但不适用于Linux

    当我在Windows上使用rstan时,我有以下Stan代码可以正常工作 . 但是,当在具有Linux(CentOS 6)的集群上运行时,它会抛出一个非常长的错误,包括~500行,我猜,Rcpp代码,最后一个块如下: compileCode中的错误(f,代码,语言=语言,详细=详细):编译错误,未创建的函数/方法!在/scratch/user/siamak/R_libs/StanHeaders/...
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    RStan中简单网络潜在空间模型的无限梯度

    我正在尝试在RStan中使用潜在空间模型,这是一种完善的(社交)网络模型 . (这意味着这可能是CrossValidated的一个问题,但我有理由相信它不是,但是 . )我知道包可用,但我正在努力构建没有包实现的东西,并且首先要确保我可以制作一个包可验证的模型工作 . 为了快速直观,LSM采用网络,并尝试为节点找到布局,使得近端节点具有边缘,而远距离节点则不具有边缘 . 节点的位置是潜在变量,模...
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    当从二项式随机变量建模值时,Stan / RStan中if()条件的问题

    我正在尝试使用Stan和R来拟合一个模型,呃,模拟观察到的实现y_i = 16,9,10,13,19,20,18,17,35,55,它们来自二项式分布随机变量,比方说,Y_i,参数m_i(试验次数)和p_i(每次试验中的成功概率) . yi = c(16, 9, 10, 13, 19, 20, 18, 17, 35, 55) 出于本实验的目的,我将假设所有m_i都是固定的并由m_i = 74,9...
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    用Stan实现预测后验分布

    Background 我有一个例子,试图在正常测量模型的背景下证明后验预测分布 . 使用的数据如下: speed <- c(28, 26, 33, 24, 34, -44, 27, 16, 40, -2, 29, 22, 24, 21, 25, 30, 23, 29, 31, 19, 24, 20, 36, 32, 36, 28, 25, 21, 28, 29, 37, 25, 28, 26...
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    我们模型的几个参数未能在WinBUGS中收敛

    我 Build 了贝叶斯模型,其中包括文献中的一些方程 . 我想根据监测数据同时模拟十个参数(P,R,Rear,K,R20,mu,a,b,tau和sigma) . 该模型在语法上是正确的,加载数据并编译得很好 . 我更新了1000000.它可以给出每个参数的结果 . 但是我们模型的三个参数(mu,a和b)似乎总是无法在WinBUGS中收敛 . 当我只模拟这三个参数时,这些参数也未能收敛 . 问题是...
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    Stan_glmer对象分配错误

    等待一周后运行三个MC链后,对象未保存,给出错误“错误:is.atomic(x)不为TRUE” . 我已多次运行此代码或其变体,因此它可能不是我的语法,但可能是关于对象大小或内部stan_glmer错误?日志在下面,感谢您的帮助(关于如何保存中间链的建议也很有用!) stan.T.mod <- stan_glmer(form2, iter=5000, warmup=5000, thin=1,...
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    超过R中的最大DLL数

    我正在使用RStan从大量高斯过程(GP)中进行采样,即使用函数stan() . 对于我适合的每个GP,都会加载另一个DLL,这可以通过运行R命令看到 getLoadedDLLs() 我遇到的问题是,因为我需要适应这么多独特的GP,我超过了可以加载的最大DLL数量,此时我收到以下错误: Error in dyn.load(libLFile) : unable to load shared ob...
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    当运行在命令行上调用stan()的R脚本时,如何从rstan R软件包的stan()函数捕获警告消息?

    在R脚本 Fit12_for_stack.R 中,我调用了 rstan package的 stan() 函数 . 当我在交互式R会话中运行 Fit12_for_stack.R 代码时,我从 stan() 收到以下警告消息: 警告信息:1:预热后有13个不同的转换 . 将adapt_delta提高到0.8以上可能有所帮助 . 2:检查pair()图以诊断采样问题 当我使用命令在命令行上运行脚...

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