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错误的FS加载json与来自s3的火花

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我正在尝试用spark加载geojson文件和magellan library我的加载代码是:

val polygons = spark.read.format("magellan").option("type", "geojson").load(inJson)

其中inJson是我在s3上的json的路径:s3n://bucket-name/geojsons/file.json

堆栈跟踪错误:

在阶段0.0中> 0.3(TID 3,ip-172-31-19-102.eu-west-1.compute.internal,executor 1):java.lang.IllegalArgumentException:错误的FS:s3n:// bucket-name / geojsons / file.json,预期:hdfs://ip-172-31-27-182.eu-west-1.compute.internal:8020 at org.apache.hadoop.fs.FileSystem.checkPath(FileSystem.java: 653)org.apache.hadoop.hdfs.DistributedFileSystem.getPathName(DistributedFileSystem.java:194)atg.apache.hadoop.hdfs.DistributedFileSystem.access $ 000(DistributedFileSystem.java:106)org.apache.hadoop.hdfs . DistributedFileSystem $ 3.doCall(DistributedFileSystem.java:304)org.apache.hadoop.hdfs.DistributedFileSystem $ 3.doCall(DistributedFileSystem.java:299)org.apache.hadoop.fs.FileSystemLinkResolver.resolve(FileSystemLinkResolver.java:81) at org.apache.hadoop.hdfs.DistributedFileSystem.open(DistributedFileSystem.java:312)atg.apache.hadoop.fs.FileSystem.open(FileSystem.java:773)at magellan.mapreduce.WholeFileReader.nextKeyValue(WholeFileReader.scala) :45)在org.apache.spark.rdd.NewH adoopRDD $$ anon $ 1.hasNext(NewHadoopRDD.scala:199)at org.apache.spark.InterruptibleIterator.hasNext(InterruptibleIterator.scala:39)at scala.collection.Iterator $$ anon $ 12.hasNext(Iterator.scala:439) at scala.collection.Iterator $$ anon $ 11.hasNext(Iterator.scala:408)at scala.collection.Iterator $$ anon $ 11.hasNext(Iterator.scala:408)at scala.collection.Iterator $ class.foreach(Iterator .scala:893)scala.collection.AbstractIterator.foreach(Iterator.scala:1336)at scala.collection.TraversableOnce $ class.foldLeft(TraversableOnce.scala:157)at scala.collection.AbstractIterator.foldLeft(Iterator.scala: 1336)scala.collection.TraversableOnce $ class.fold(TraversableOnce.scala:212)at scala.collection.AbstractIterator.fold(Iterator.scala:1336)at org.apache.spark.rdd.RDD $$ anonfun $ fold $ 1 $$ anonfun $ 20.apply(RDD.scala:1086)org.apache.spark.rdd.RDD $$ anonfun $ fold $ 1 $$ anonfun $ 20.apply(RDD.scala:1086)at org.apache.spark.SparkContext在ang.apache.spark.SparkCon上的$$ anonfun $ 33.apply(SparkContext.scala:1980)文本$$ anonfun $ 33.apply(SparkContext.scala:1980)org.apache.spark.scheduler.ResultTask.runTask(ResultTask.scala:87)at org.apache.spark.scheduler.Task.run(Task.scala: 99)atg.apache.spark.executor.Executor $ TaskRunner.run(Executor.scala:282)at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1142)at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor $ Worker .run(ThreadPoolExecutor.java:617)在java.lang.Thread.run(Thread.java:745)

只有当我在多台计算机上运行它时才会出现问题,因此它在具有master和核心组中的1个实例的EMR集群上正常工作,但是在核心组中有10个实例则失败

2 回答

  • 0

    这在Magellan WholeFileReader 中是个问题 . 它正在获取默认的FileSystem .

    this pull request解决了

    解决方案是这样的:

    -      val fs = FileSystem.get(conf)
    +      val fs = path.getFileSystem(conf)
    
  • 1

    如果您在EMR上运行,则可以使用“s3:// bucket / path”而不是“s3n:// ....”

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