我有这行代码:
plot(gene_list$logFC, -log10(gene_list$P.Value),xlim=c(-10, 10), ylim=c(0, 15),xlab="log2 fold change", ylab="-log10 p-value")
这导致火山情节;但是我想找到一种方法,我可以用红色点> log(2)和
编辑:好的,作为一个例子,我正在尝试做以下事情来获得火山情节:
install.packages("ggplot2")
然后
gene_list <- read.table("/Users/Javi/Desktop/gene_list.csv", header=T, sep=",")
require(ggplot2)
##Highlight genes that have an absolute fold change > 2 and a p-value < 0.05
gene_list$threshold = as.factor(abs(gene_list$logFC) > 2 & gene_list$P.Value < 0.05)
构造绘图对象
g = ggplot(data=gene_list, aes(x=logFC, y=-log10(P.Value), colour=my_palette)) +
geom_point(alpha=0.4, size=5) +
theme(legend.position = "none") +
xlim(c(-10, 10)) + ylim(c(0, 15)) +
xlab("log2 fold change") + ylab("-log10 p-value")
我想要做的是为logFC值> 2着色,蓝色为logFC值<-2
2 回答
您需要添加一个阈值列,报告logFC值> 2的标签,logFC值<-2,以及介于两者之间的值:
接下来,您将编写火山图并通过
geom_point
和scale_colour_manual
指定颜色 . 作为logFC <= - 2的标签的B是蓝色你需要使用
col
参数,类似的应该这样做: