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Traminer替换成本

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我对转换成本矩阵存在逻辑问题 . 我正在使用R包Traminer处理序列不相似性 .

我试着给你一个简单的例子（非常简单，但我希望有用来解释我的问题）：

有三个序列，我想计算相异矩阵 . 字母表是：H（ Health 状况），I（在家里生病），IH（在医院生病），D（死亡）

我观察了3个受试者进行了5次观察 . 这些是序列：

H – H – I – D – D 
H – I – I – I – D 
I – I – H – IH – IH

替代成本矩阵是4x4表（状态x状态） . 它必须是对称的？这是我的逻辑问题：虽然可以从状态H，I或IH“转移”到状态Died，但相反是不合逻辑的 .

我可以在TraMineR中使用非对称替代成本矩阵吗？

如果在我的数据库中，从状态“I”到“D”的替换成本（例如用 sm = "TRATE" 计算）比从状态'I'到'IH'（0.6）的替换成本低（0.5），则OM算法替换“我“连”D“而不是”HI“ .

r traminer sequence-analysis

2 回答

  • 1

    在我看来，你正在寻找一个自定义成本矩阵 . 使用 TRATE 或 CONSTANT 方法不是强制性的 .

    要创建自定义矩阵，您只需执行以下操作：

    myscm <- matrix(c(0,1,2, 
                  1,0,2, 
                  2,2,0), nrow=3, ncol=3) 
dist.om <- seqdist(my.seq, method="OM", sm=myscm)

    其中 myscm 是您的自定义矩阵

    这取自http://lists.r-forge.r-project.org/pipermail/traminer-users/2011-July/000075.html

    我相信你有两个选择：

    1）为所有过渡和完整的自定义矩阵创建基本原理

    2）获取您已生成的转换矩阵（使用 seqsubm(your.seq, method = "TRATE") ）并仅更改不一致的值 . 那个_1488593已经完成了我的最后一次分析 .

    但请记住吉尔伯特在An "asymmetric" pairwise distance matrix中提出的观点

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  • 1

    转换率（估计的转换概率）不应与替代成本相混淆 . 替代成本应该反映出各州之间的差异 .

    转换率矩阵（由 seqtrate 返回）不对称 .

    用于计算距离的替代成本（例如最佳匹配距离）必须是对称的 . 否则，结果将不是距离矩阵，并且将这样的非对称矩阵输入到例如聚类过程将导致意外的结果 .

    从转换率中获得替代成本只是定义替代成本的几种可能性之一 . 让$ p（i | j）$成为从$ j $过渡到$ i $的概率，它包括将替换成本定义为

    $ c（i，j）= 2 - p（i | j） - p（j | i）$

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