我试图按照这里的例子制作一个简单的堆积密度图:Create a stacked density graph in ggplot2 .
我正在使用融化数据,但是当我尝试在y轴上用“值”绘制它时,我得到一个错误 .
这是我的原始数据:
> str(bug)
'data.frame': 39 obs. of 10 variables:
$ year : int 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 ...
$ SampleDate : Factor w/ 39 levels "01-Aug-07","02-Jun-06",..: 21 32 2 11 19 28 37 8 17 24 ...
$ Oligochaeta : int 905 604 371 991 213 144 1 14 5 5 ...
$ Copepoda : int 586 352 12 602 45 24 3 1 1 8 ...
etc.
这就是我使用熔化的方式:
> mbug <- melt(bug, id.vars=c("year", "SampleDate"))
我更正了日期格式:
> mbug$date1 <- as.Date(mbug$SampleDate, "%d-%b-%y")
而这个熔化的数据:
> str(mbug)
'data.frame': 312 obs. of 5 variables:
$ year : int 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 2006 ...
$ SampleDate: Factor w/ 39 levels "01-Aug-07","02-Jun-06",..: 21 32 2 11 19 28 37 8 17 24 ...
$ variable : Factor w/ 8 levels "Oligochaeta",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
$ value : int 905 604 371 991 213 144 1 14 5 5 ...
$ date1 : Date, format: "2006-05-18" "2006-05-26" "2006-06-02" "2006-06-09" ...
我使用了ggplot和熔化数据:
> ggplot(mbug, aes(x=date1, y=value)) +
+ geom_density(aes(fill=variable), position="stack")
+ facet_wrap(~ year, nrow=1) + theme(text = element_text(size = 22))
并最终出现此错误:
Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'y' not found
最后,我希望变量被称为“taxon”,值将被称为“丰度”,但我总是可以在ggplot中做到这一点 . 现在,我的主要目标是能够策划y!
提前致谢 .
1 回答
看起来你想要的可能不是密度图,而是
value
与date1
的面积图 . 也许这样的事情,但很难确定无法处理您的数据样本:为了比较,这是一个假数据的例子:
密度图是平滑的直方图,给出单个变量的分布 . 密度绘制在y轴上,并由ggplot在内部计算 . 例如,如果我想要分配车辆燃油经济性(即每个燃油经济性区间内的汽车比例),我可以这样做:
但是,如果我执行以下操作,则会导致您获得相同的错误:
这是因为密度图中的“y”值是x变量在x的每个值处的密度(y轴上的高度) .