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提交Grid Engine作业时缺少Java库

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当我qsub运行java程序的脚本时,我收到此错误:

线程“main”中的异常java.lang.UnsatisfiedLinkError:/usr/java/jdk1.6.0_16/jre/lib/amd64/xawt/libmawt.so:libXtst.so.6:无法打开共享对象文件:没有这样的文件java.lang上的java.lang.ClassLoader $ NativeLibrary.load(Native Method)或Java.lang上的java.lang.ClassLoader.loadLibrary(ClassLoader.java:1674)中的目录.runtime.load0(Runtime.java:770)java.lang.Slass.load(System.java:1003)at java.lang.ClassLoader $ NativeLibrary.load(Native Method)at java.lang.ClassLoader.loadLibrary0(ClassLoader) .java:1778)java.lang.ClassLoader.loadLibrary(ClassLoader.java:1695)at java.lang.Runtime.loadLibrary0(Runtime.java:823)at java.lang.System.loadLibrary(System.java:1028)位于java.awt.Tool上的java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)的sun.security.action.LoadLibraryAction.run(LoadLibraryAction.java:50),java.awt.Toolkit的java.awt.Toolkit.loadLibraries(Toolkit.java:1592) . (Toolkit.java:1614)at java.awt.Font . (Font.java:210)at s位于savant.util.NetworkUtils.getSeekableStreamForURI(NetworkUtils.java:185)的avant.settings.BrowserSettings . (BrowserSettings.java:37)位于savant.data.sources.BAMDataSource . (BAMDataSource.java:62)位于IReckon.WholeGenomeExecution.main (WholeGenomeExecution.java:208)

但是,当我qrsh进入一个节点并运行脚本时,我没有收到错误 .

我正在运行这样的qsub:qsub -cwd -V

也许我需要设置一些环境变量,但不会-V处理它?

1 回答

  • 1

    libXtst.so.6 位于该系统的哪个位置?

    最有可能的是,与手动登录时相比,Grid Engine使用的不同 LD_LIBRARY_PATH . 看起来有点奇怪的安装 .

    对于Grid Engine使用,我还建议避免使用AWT .

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