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如何迭代地进行qsub工作
如何迭代qsub工作？ 设一个变量i = 2:10，对于每个i，我想运行“tmp.r”并在进入下一个i之前暂停10秒 . 我的脚本名称是test.pbs . 我试过这个： for i in `seq 1 10`;do;qsub job$i.sub;sleep 10;done 但是这个提交的工作将立即返回.. 我想在Cray XE6上运行它 . 我的R代码使用遍历算法，因此迭代提交作业将使其更有效... -
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使用QSUB和bash文件使用Keras打印培训进度
我能够使用以下bash脚本运行使用Keras / Tensorflow训练模型的python脚本： #!/bin/bash #PBS -N Tarea_UNET #PBS -l nodes=1:ppn=4:gpus=1 cd $PBS_O_WORKDIR source $ANACONDA3/activate inictel_uni python U-NET.py 在“U-NET.py”里面，训练... -
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如何使用awk和条件管道提交qsub作业？
我有一个文件（fasta），我使用awk从（带有 Headers 的序列）中提取所需的字段 . 然后我将它传递给BLAST程序，最后我将它传递给qsub以便提交作业 . 文件： >sequence_1 ACTGACTGACTGACTG >sequence_2 ACTGGTCAGTCAGTAA >sequence_3 CCGTTGAGTAGAAGAA 和命令（有效）： awk &... -
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提交Grid Engine作业时缺少Java库
当我qsub运行java程序的脚本时，我收到此错误： 线程“main”中的异常java.lang.UnsatisfiedLinkError：/usr/java/jdk1.6.0_16/jre/lib/amd64/xawt/libmawt.so:libXtst.so.6：无法打开共享对象文件：没有这样的文件java.lang上的java.lang.ClassLoader $ NativeLibra... -
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Qsub作业使用来自群集上的工作节点的子进程
我正在尝试使用qsub提交python作业，然后使用subprocess和qsub提交其他几个作业 . 我使用下面显示的2个bash脚本提交这些作业 . run_test是第一个提交的，run_script是通过子进程提交的 . $ cat run_test #$ -cwd #$ -V #$ -pe openmpi 1 mpirun -n 1 python test_multiple_submi... -
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作业完成时群集qsub检查 . 蟒蛇
我正在构建一个python管道，在那个管道脚本中，我调用了另一个python脚本，它使用qsub向一个集群提交一个作业（这个作业包括70个作业）现在我需要这些作业的输出继续工作 . 在完成所有70个作业之前，如何“暂停”python脚本？ 我无法修改提交给服务器的脚本，因此必须在我自己的脚本中完成 . （使用AMD64集群） 编辑： 这就是我调用其他脚本的方式： os.system("... -
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使用qsub提交连续和独立工作的速度有多快？
此问题与pbs job no output when busy有关 . 即当PBS / Torque为'busy'时，我提交的某些作业不会产生输出 . 我想，当一个接一个地提交许多工作时，它更加繁忙，并且正如它所发生的那样，以这种方式提交的工作，我经常会得到一些不产生任何输出的工作 . 这是一些代码 . 假设我有一个名为“x_analyse.py”的python脚本，它将包含一些数据的文件作为输入... -
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默默地向qGE提交qsub的工作
我有一个bash脚本，使用 qsub 向缓慢响应的SGE队列提交数百个作业（每个作业ID显示需要一个很好的秒） . 为了绕过这个耗时的过程而不是在我退出shell时杀死我的脚本，我通过附加 & 来运行我的脚本作为后台作业 . 虽然这有时可以节省我半个小时的时间，但作业ID仍会出现，并且会出现命令提示 . 我想知道是否可以抑制作业ID的显示或以某种方式静默地将作业提交到队列 . 虽然，这个 ... -
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如何为qsub提交的作业指定固定作业名称
我通过qsub提交时使用-N选项指定作业的名称 . 但是，qsub会在man页面中描述的man名称之后添加一些数字字符串：默认情况下，标准输出的文件名的格式为job_name.ojob_id，job_name.ojob_id.task_id用于阵列作业任务（请参阅下面的-t选项） . 因此，每当我提交具有相同作业名称的新作业时，会在作业名称中添加新后缀.ojob_id，并创建新的输出文件 . 我... -
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允许TORQUE中的qsub等待作业完成的Bash脚本，非常类似于SGE系统中的-sync y
我正在使用带有Torque / Maui系统的集群 . 我有一个使用qsub命令提交一个作业的bash脚本，然后做了几件事，比如移动文件，写ASCII文件，并检查我提交的作业的输出 . 关于此输出，基本上，如果它包含数字1，则需要再次提交作业 . 如果不同于1，则bash脚本会执行其他操作 . 问题是qsub在后台运行，并且所有bash都会立即进行评估 . 我想强迫qsub表现得非常像awk，ca... -
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如何在集群机器中共享内存（qsub openmpi）
亲爱的大家！ 我有一个关于在群集中共享内存的问题 . 我是一个新的集群，并在尝试了几个星期后未能解决我的问题，所以我在这里寻求帮助，任何建议都会感激不尽！ 我想使用soapdenovo，这是一种用于组装人类基因组以组装我的数据的软件 . 但是，由于内存不足（内存在我的机器中为512G），它一步失败了 . 所以我转向集群机器（它有三个大节点，每个节点也有512个内存），并开始用qsub学习提交作业 ... -
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（shell脚本 - qsub）等待提交的作业在下一个命令之前完成
我的shell脚本涉及qsub作业提交，然后将该作业生成的文件复制到其他位置 . 怎么做到这一点？ 以下是我的shell脚本的样子： ... qsub synplify.csh cp ./rev_1/netlist.vqm ~/sample ... 这里，synplify.csh作业在服务器上提交但未完成 . 它清除了执行第二行的方式 . 因此，在处理第一个作业时执行第二行 . 我希望在作业完成... -
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PBS工作相互依赖：一个工作开始，取消其他工作
我想向我的群集上的几个队列提交模拟 . 只要一个队列启动它，它就会被其他队列取消 . 我知道它可能是不明确的，因为几个工作可能会在几个队列上同时开始 . 监视队列的bash脚本可能会这样做 . 提交作业时是否可以直接使用qsub？ 编辑：下面是一个使用bash脚本的工作示例 . 这可能不是最佳的，因为它需要（慢）磁盘访问 . #!/bin/bash - # # Exit in case of er...