从makefile激活Anaconda Python环境-Java 学习之路

我想使用makefile来使用makefile和anaconda/miniconda来构建我的项目环境，所以我应该能够克隆repo并简单地运行 make myproject

myproject: build

build:
  @printf "\nBuilding Python Environment\n"
  @conda env create --quiet --force --file environment.yml
  @source /home/vagrant/miniconda/bin/activate myproject

但是，如果我尝试这个，我会收到以下错误

make：source：找不到命令make：*** [source]错误127

我已经搜索了一个解决方案，但是[这个问题/答案（How to source a script in a Makefile?）表明我不能在makefile中使用 source .

然而，This answer提出了一个解决方案（并收到了几个赞成票）但这对我来说也不起作用

（\ source / home / vagrant / miniconda / bin / activate myproject; \）/ bin / sh：2：source：not found make：*** [source] Error 127

我还尝试将 source activate 步骤移动到单独的bash脚本，并从makefile执行该脚本 . 这不起作用，我假设出于类似的原因，即我在shell中运行 source .

我应该补充一点，如果我从终端运行 source activate myproject ，它可以正常工作 .

3 回答

你应该使用它，它现在对我有用 .

report.ipynb : merged.ipynb
    ( bash -c "source ${HOME}/anaconda3/bin/activate py27; which -a python; \
        jupyter nbconvert \
        --to notebook \
        --ExecutePreprocessor.kernel_name=python2 \
        --ExecutePreprocessor.timeout=3000 \
        --execute merged.ipynb \
        --output=$< $<" )

回复于 2024-05-09T02:33:28+08:00

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我有类似的问题;我想从Makefile创建或更新conda环境，以确保我自己的脚本可以使用来自该conda环境的python .
默认情况下，使用sh来执行命令，而sh不知道源（也见this SO answer） . 我只是将SHELL设置为bash并最终得到（仅限相关部分）：
```
SHELL=/bin/bash
CONDAROOT = /my/path/to/miniconda2
.
.
install: sometarget
        source $(CONDAROOT)/bin/activate && conda env create -p conda -f environment.yml && source deactivate
```
希望能帮助到你
回复于 2024-05-09T02:33:28+08:00
6
我有同样的问题 . 基本上唯一的解决方案由9000声明 . 我有一个安装shell脚本，我在其中设置conda环境（源激活python2），然后我调用make命令 . 我尝试从Makefile内部设置环境，但没有成功 .

我在makefile中有这一行：
```
installpy :
   ./setuppython2.sh && python setup.py install
```
错误消息是：
```
make
./setuppython2.sh && python setup.py install
running install
error: can't create or remove files in install directory

The following error occurred while trying to add or remove files in the
installation directory:

    [Errno 13] Permission denied: '/usr/lib/python2.7/site-packages/test-easy-install-29183.write-test'
```
从本质上讲，我能够设置我的conda环境以使用我具有写访问权限的本地conda . 但制作过程并没有提到这一点 . 我不明白为什么在make进程中看不到使用'source'在我的shell脚本中设置的环境; source命令应该更改当前shell . 我只想分享这个，以便其他人不会浪费时间尝试这样做 . 我知道autotoools有一种使用python的方法 . 但制作计划在这方面可能有限 .

我目前的解决方案是shell脚本：

cat py2make.sh
```
#!/bin/sh

# the prefix should be change to the target
# of installation or pwd of the build system
PREFIX=/some/path
CONDA_HOME=$PREFIX/anaconda3
PATH=$CONDA_HOME/bin:$PATH
unset PYTHONPATH
export PREFIX CONDA_HOME PATH
source activate python2
make
```
这似乎对我有用 .

有类似的情况solution，但似乎对我不起作用：

我修改过的Makefile段：
```
installpy :
   ( source activate python2; python setup.py install )
```
调用make后出现错误信息：
```
make
( source activate python2; python setup.py install )
/bin/sh: line 0: source: activate: file not found
make: *** [installpy] Error 1
```
不知道我哪里错了 . 如果有人有更好的解决方案，请分享 .
回复于 2024-05-09T02:33:28+08:00

从makefile激活Anaconda Python环境

3 回答

cat py2make.sh

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