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正在加载包pi0 . 一个问题

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我正在尝试使用包pi0和依赖为true（http://cran.r-project.org/web/packages/pi0/pi0.pdf）来创建一个t.test矩阵，如inside-r.org所报告的那样 .

加载包我得到：

库（'pi0'）loadNamespace中的错误（j < - i [[1L]]，c（lib.loc，.libPaths（）），versionCheck = vI [[j]]）：没有名为'qvalue的包'错误：'pi0'的包或命名空间加载失败

运行此代码：

set.seed(9992722)
dat=matrix(rnorm(30),3,10)
(pvals=matrix.t.test(dat,1,5,5)) # [1] 0.2112825 0.8366920 0.2891014
(pvals2=apply(dat,1,function(xx)t.test(xx[1:5],xx[6:10],var.equal=TRUE)$p.val))
all.equal(pvals,pvals2) ## TRUE

我明白了：

错误：找不到函数“matrix.t.test”

你有什么解决方案吗？

r install.packages pi0

1 回答

  • 2

    包 pi0 导入包 qvalue . 不幸的是，包 qvalue 已从CRAN存储库中删除 . 因此，当您尝试加载 pi0 包时，您会收到错误消息 .

    来自 pi0 的 DESCRIPTION 文件：

    导入：矩阵（> = 1.0-0），numDeriv，limSolve（> = 1.5.2），rgl，scatterplot3d，qvalue，Iso（> = 0.0-5），quadprog（> = 1.5-3），kernlab

    包装 qvalue 现在可从Bioconductor获得 . 您可以使用以下命令安装此程序包 .

    source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("qvalue")

    现在，您可以加载包 pi0 ，您的代码将运行没有任何问题 .

    library(pi0)
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