我正在分析 R 中的基因表达数据 . 我想在考虑系统发育效应时测试表达的差异 . 我可以使用负二项分布和归一化因子作为偏移运行GLM：

library(MASS)
glm.nb(expression ~ Group + offset(log(normFactor)), data=data)

但是，我不知道如何在这个模型中包含系统发育效应 . 我可以从我的系统发育中获得方差 - 协方差或相关矩阵：

library(ape)
tree <- read.tree("tree.nwk")    
varCovMatrix <- vcv(tree, model = "Brownian", cor = FALSE)

我发现lmekin允许指定随机效应的方差 - 协方差结构：

library(coxme)
lmekin(expression ~ Group + (1| animal) + offset(log(normFactor)), data=data, varlist= varCovMatrix)

但我无法指定负二项分布，也不清楚它是否理解偏移 . 同样的问题是 MCMCglmm .

请帮我加一个GLMM：

  • 方差 - 协方差矩阵

  • 归一化因子作为偏移量

  • 负二项分布

r offset glm phylogeny