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以随机效应为矩阵的glm.nb
我正在分析 R 中的基因表达数据 . 我想在考虑系统发育效应时测试表达的差异 . 我可以使用负二项分布和归一化因子作为偏移运行GLM： library(MASS) glm.nb(expression ~ Group + offset(log(normFactor)), data=data) 但是，我不知道如何在这个模型中包含系统发育效应 . 我可以从我的系统发育中获得方差 - 协方差或相关矩阵：... -
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如何从Caper R包中的pgls（）获取学生化残差
我有一个135种的数据集，6个生活史特征（响应）和2个环境变量（预测因子） . 我有兴趣使用Caper包进行pgls回归分析，以查看环境变量对每个生活史特征的影响 . 由于其中一个特征是女性体重，我计算了每个性状对女性体重的pgls回归，并使用多元回归中的后续残差来反对环境变量 . 为了检查回归诊断在针对体重的单变量特征回归中是否正常，我使用了plot.pgls（） . 这些图表显示存在一些异常值... -
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构建一个循环的系统发育树
我有一个他们相关的基因和疾病表 . 我想构建一个系统发育树并将基因分组到他们的疾病 . 下面是一个样本数据集，其中gene1列属于疾病1，基因2属于疾病2.主要是gene1和gene2彼此相关，并映射到它们所属的疾病 . gene1 gene2 disease1 disease2 AGTR1 ACHE cancer tumor AGT...