我试图在一段时间内第一次安装我自己的github包:
install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("SimonDedman/gbm.auto")
但我得到:
Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]): there is no package called ‘foreign’.
ERROR: lazy loading failed for package ‘gbm.auto’
以供参考:
.Library : "/usr/lib/R/library"
.libPaths() : "/home/simon/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4" "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/library"
我已经阅读了与此问题相关的各种帖子,与安装devtools itself,_ 188686,ggplot2和devtools dependent packages有关,但只有第二个Rcpp看起来有点模糊,因此我发布了.Library和.libPaths . 即便如此,我还是在Linux(Xubuntu 17.10 FWIW)上,并没有做任何花哨的RInside魔术 .
使用第一个代码块一直在使用;我假设作为用户我不应该手动指定安装位置,除非我不知不觉地设置R / Rstudio将devtools软件包安装到他们无法与默认CRAN软件包交互的位置?
所以我的下一个猜测是,R管理包/ githubs /依赖关系等的方式发生了变化?这样包装开发者我需要改变一些东西 . 我的NAMESPACE只有导入(dismo,mapplots,rgeos)和importFroms(beepr,beep,gbm,plot.gbm,gbm,predict.gbm,maptools,writeSpatialShape,raster,crop,rgdal,readOGR,shapefiles,read.shapefile);描述仅取决于R(> = 3.3.1) .
目前这个问题已经失败了'生存',然后我手动安装,'外国'粘贴在上面 . 我不确定这些是从哪里调出来的,大概是一个导入包中的Depends(或类似) . 在任何情况下,我都不愿意手动安装所有内容而不是实际修复底层问题 . 任何想法/帮助非常感谢 . 干杯!
编辑: session_info()
结果,已删除 survival
:
Session info --------------------------------
setting value
version R version 3.4.3 (2017-11-30)
system x86_64, linux-gnu
ui RStudio (1.1.419)
language en_GB:en
collate en_GB.UTF-8
tz America/Los_Angeles
date 2018-01-31
Packages --------------------------------------------
package * version date source
base * 3.4.3 2017-12-01 local
compiler 3.4.3 2017-12-01 local
curl 3.1 2017-12-12 CRAN (R 3.4.3)
datasets * 3.4.3 2017-12-01 local
devtools * 1.13.4 2017-11-09 CRAN (R 3.4.2)
digest 0.6.15 2018-01-28 CRAN (R 3.4.2)
git2r 0.18.0 2017-01-01 CRAN (R 3.4.0)
graphics * 3.4.3 2017-12-01 local
grDevices * 3.4.3 2017-12-01 local
httr 1.3.1 2017-08-20 CRAN (R 3.4.3)
memoise 1.1.0 2017-04-21 CRAN (R 3.4.0)
methods * 3.4.3 2017-12-01 local
R6 2.2.2 2017-06-17 CRAN (R 3.4.1)
stats * 3.4.3 2017-12-01 local
tools 3.4.3 2017-12-01 local
utils * 3.4.3 2017-12-01 local
withr 2.1.1 2017-12-19 CRAN (R 3.4.3)