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ggplot手动设置scale_color_gradientn

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我有这样的数据框

BP        R2      LOG10
96162057 0.2118000 2.66514431
96162096 0.0124700 0.31749391
96162281 0.0008941 0.07012148
96163560 0.5011000 2.48505399
96163638 0.8702000 3.37778598

我想在BP10上绘制BP，并用R2对点进行着色 . R2是0-1的连续值 .

myplot <- read.cvs("mytable.csv",head=TRUE)
attach(myplot)
ggplot(myplot,aes(BP,LOG10, color=R2)) + geom_point()

到现在为止还挺好 . 但是我想以手动选择的间隔和颜色显示R2颜色，如下所示（如果我有离散值） .

ggplot(myplot,aes(BP,LOG10, color=R2)) + geom_point() + 
      scale_color_manual(breaks= c("1","0.8","0.6","0.4","0.2","0"), 
                values = c("red","yellow","green","lightblue","darkblue"))
Error: Continuous value supplied to discrete scale

这看起来很漂亮，但我宁愿设置我自己的颜色 .

ggplot(myplot,aes(BP,LOG10, color=R2)) + geom_point(shape=1) + 
               scale_colour_gradientn(colours = rainbow(10))

那么，我怎样才能从连续值（1-0.8,0.8-0.6,0.6-0.4,0.4-0.2,0.2-0）手动选择间隔，并根据我的喜好（红色，黄色，绿色，浅色，深蓝色）进行着色？颜色之间的平滑渐变很酷，但并不重要 .

r colors ggplot2 gradient

2 回答

  • 13

    您可以使用 scale_colour_gradientn() ，然后提供自己的 colours= 和 values= . 值将给出每种颜色的间隔 .

    ggplot(myplot,aes(BP,LOG10, color = R2)) + geom_point() + 
  scale_colour_gradientn(colours = c("red","yellow","green","lightblue","darkblue"),
                         values = c(1.0,0.8,0.6,0.4,0.2,0))

    gradientn chart example

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  • 9

    4年后对这篇文章发表评论：重要的是要注意“值”将变量值映射在0和1,0之间，0是最低值，1是最高值 . 在这个例子中，它巧合地适应变量的值0到1 .

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