我有一个带有X和Y坐标值的data.frame . X轴是位置信息，Y轴是对数比值 . 这些点基于对数比值着色（绿色> 0.25，-0.25 <灰色<0.25，红色<-0.25） . 橙色虚线水平线是log2值0.58,0和-1 .
循环二进制分割算法分割对数比的变化，由水平蓝线表示 . 在附加的图像中，可以看到几个段，大多数是接近log2的0.靠近图的左端是小蓝色段，日志值接近0.58，并且小得多（由于周围的红点几乎看不见） ）日志值接近-1的蓝色段（图的右边缘） . 我在另一个data.frame中有这些蓝色段的x和y坐标 . 我想实现以下目标
1）添加将这些蓝色区段限制在-0.70 <log2> 0.50以上的圆圈 . 这有助于识别可能遗漏的小段2）使用Alpha值为这些圆圈添加透明色，以便看到蓝色段3）圆的大小将基于这些蓝色段的宽度 .
我也对在-0.70 <log2> 0.5处高亮显示这些蓝色区段的其他想法持开放态度 . 也许我应该禁止绘制找到这些蓝色部分的点（绿色和红色） . 我用R来制作这个情节 . 感谢帮助 .
这是使用的代码：有两个df对象 . df（X）包含Chr.no，Chr.Start，Chr.End和Log2 . df（Y）类似，但是不同的col.names如loc . 开始，和loc . 结束 . 而不是Log2，他们有seg.mean值
for (i in 1:25) { # Plot each chromosome separately
plot(X[which(X$Chr.No ==i),"Chr.Start"], X[which(X$Chr.No ==i),"Log2"], ylim=c(-4.0,4.0), col=X[which(X$Chr.No ==i),"Color"], pch=16, cex=0.4, ylab="Log2", xlab="Genomic Position", main= paste("KCL:180522_SS", "chromosome", i, sep=" "))
abline(h=c(-1,0,log2(3/2)), lty=2, col="chocolate")
xleft = Y[which(Y$Chr.No ==i),"loc.start"] # Left limit of the blue horizontal line
xright = Y[which(Y$Chr.No ==i),"loc.end"] # Right limit of the blue horizontal line
ybottom= Y[which(Y$Chr.No ==i),"seg.mean"] - 0.010 # Adding thickness to the "seg.mean"
ytop = Y[which(Y$Chr.No ==i),"seg.mean"] + 0.010 # Adding thickness to the "seg.mean"
rect(xleft=xleft, ybottom=ybottom, xright=xright, ytop=ytop, col="blue", border="blue")
}
@Dwin是的，“颜色”是“浅绿”，“灰色”和“红色”的矢量 . 这些是图（x，y）中pch = 16的颜色信息 . 我不想修改pch = 16分 . 水平的“蓝色”线段由'rect'添加，它们跨越许多pch = 16个点 . 正如你所看到的，有许多“蓝色”段，一些非常小，一些大的长度，它们的log2值不同 . 这就是我想要用填充的透明圆圈绑定的 . 并非所有“蓝色”线段，而只是“蓝色”线段0.25 <log2> 0.25的线段 . 在这个图中，较小的“蓝色”片段靠近绘图的边缘，并且由于它们很难被发现，我想用它们周围的实心圆圈突出显示它们 . 如果我还不清楚，请告诉我 . 谢谢
1 回答
（删除了基于猜测蓝点（真正是段）的方式的错误方法 . ）
编辑：根据新信息，我建议绘制普通的“点”，即在（xleft xright）/ 2形成的x向量处的空心圆和使用ytop的y向量（应该与ybottom相同）各自用于选定的符合条件的ytop值 . 您可以使用逻辑向量来选择这些向量中的每一个 . 所以：
如果使用rgb（）函数创建具有透明度的颜色，也可以使用透明度：
....如果您的输出设备支持它，应该给你透明的圆圈 .