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如何从具有不同内核的笔记本运行Jupyter笔记本？

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我正试图从笔记本（Python）中运行Jupyter笔记本（R） . 使用命令：

%run "DESeq2 Analysis.ipynb"

调用Noteook并运行它，但会出现Python错误 . 正在调用的笔记本（DESeq2 Analysis.ipynb）应该与R内核一起运行 . 当我独立运行时，DESeq2 Analysis.ipynb与R内核运行良好 . 似乎正在发生的事情是使用Python 3内核运行的调用笔记本调用DESeq2 Analysis.ipynb并尝试使用Python 3内核而不是R内核运行代码 .

有没有办法在使用％run命令时指定内核？

python r jupyter-notebook

1 回答

  • 0

    从@Louise Davies answer到Can Jupyter run a separate R notebook from within a Python notebook?

    我不认为你可以使用％run magic命令，因为它在当前内核中执行文件 . Nbconvert有一个执行API，允许您执行笔记本 . 因此，您可以创建一个shell脚本来执行所有笔记本，如下所示：＃！/ bin / bash
    jupyter nbconvert --to notebook --execute 1_py3.ipynb
    jupyter nbconvert --to notebook --execute 2_py3.ipynb
    jupyter nbconvert --to notebook --execute 3_py3.ipynb
    jupyter nbconvert --to notebook --execute 4_R.ipynb
    由于您的笔记本电脑不需要共享状态，因此应该没问题 . 或者，如果您真的想在笔记本中执行此操作，则可以使用execute Python API从笔记本中调用nbconvert . import nbformat
    来自nbconvert.preprocessors导入ExecutePreprocessor

    打开（“1_py3.ipynb”）为f1，打开（“2_py3.ipynb”）为f2，打开（“3_py3.ipynb”）为f3，打开（“4_R.ipynb”）为f4：
    nb1 = nbformat.read（f1，as_version = 4）
    nb2 = nbformat.read（f2，as_version = 4）
    nb3 = nbformat.read（f3，as_version = 4）
    nb4 = nbformat.read（f4，as_version = 4）

    ep_python = ExecutePreprocessor（timeout = 600，kernel_name ='python3'）
    ＃使用jupyter kernelspec列表来查找系统上调用内核的内容
    ep_R = ExecutePreprocessor（timeout = 600，kernel_name ='ir'）

    #path指定执行笔记本的文件夹，因此将其设置为您需要的文件夹，以便文件路径引用正确
    ep_python.preprocess（nb1，{'metadata'：{'path'：'notebooks /'}}）
    ep_python.preprocess（nb2，{'metadata'：{'path'：'notebooks /'}}）
    ep_python.preprocess（nb3，{'metadata'：{'path'：'notebooks /'}}）
    ep_R.preprocess（nb4，{'metadata'：{'path'：'notebooks /'}}）

    打开（“1_py3.ipynb”，“wt”）为f1，打开（“2_py3.ipynb”，“wt”）为f2，打开（“3_py3.ipynb”，“wt”）为f3，打开（“4_R” .ipynb“，”wt“）为f4：
    nbformat.write（nb1，f1）
    nbformat.write（nb2，f2）
    nbformat.write（nb3，f3）
    nbformat.write（nb4，f4）
    请注意，这几乎只是从nbconvert执行API docs：link复制的示例

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