从平铺的TIFF中提取切片并存储在numpy数组中-Java 学习之路

我的总体目标是从输入的mirax（.mrxs）幻灯片图像到JPEG输出文件裁剪多个区域 .

以下是其中一个图片的样子：

enter image description here

注意，较暗的灰色区域是图像的一部分，并且我最终希望以JPEG格式提取的区域是3个黑色方形区域 .

现在，针对具体情况：

我可以使用命令行上的vips将mirax图像中的颜色通道提取为3个单独的TIFF文件：

vips extract_band INPUT.mrxs OUTPUT.tiff[tile,compression=jpeg] C --n 1

其中 C 对应于通道号（0-2），每个输出文件的大小约为250 MB .

下一个工作是以某种方式识别并从图像中提取感兴趣的区域，所以我转向了几个python成像库，这是我遇到困难的地方 .

当我尝试使用OpenCV加载任何TIFF时：

i = cv2.imread('/home/user/input_img.tiff',cv2.IMREAD_ANYDEPTH)

我收到错误 error: (-211) The total matrix size does not fit to "size_t" type in function setSize

通过以下方式，我设法通过Pillow获得更多的牵引力：

from PIL import Image
tiff = Image.open('/home/user/input_img.tiff')
print len(tiff.tile)
print tiff.tile[0]
print tiff.info

哪个输出：

636633
('jpeg', (0, 0, 128, 128), 8, ('L', ''))
{'compression': 'jpeg', 'dpi': (25.4, 25.4)}

但是，除了加载图像之外，我似乎无法执行任何有用的操作;例如 tiff.tostring() 结果 MemoryError （我这样做是为了试图将PIL对象转换为numpy数组）我不确定这个操作是否有效，因为存在tile .

根据我的有限理解，这些TIFF以JPEG压缩格式将图像数据存储在“图块”中（其中上图包含636633） .

然而，我不清楚如何提取这些图块以用作常规JPEG图像，或者甚至我概述的上述过程中的步骤顺序是否是实现从中提取ROI的总体目标的潜在有用方式 . mirax图像 .

如果我在正确的轨道上，那么一些指导将会受到赞赏，或者，如果有另一种方法来实现我的目标使用vips / openslide没有python我会有兴趣听取想法 . 此外，有关如何处理或理解我所描述的TIFF文件的更多信息也会有所帮助 .

理想的情况包括：

1）vips / openslide中的某种自动裁剪功能，它可以从TIFF或原始mirax图像生成JPEG，沿着以下命令的行，但没有生成数万个图像：

vips dzsave CMU-1.mrxs[autocrop] pyramid

2）能够从TIFF中提取瓦片并将对应于图像区域的数据存储为numpy阵列，以便使用OpenCV或另一个方法检测3个ROI .

1 回答