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如何从熊猫中读取HDF表？

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我有一个 my_file.h5 文件，据推测，它包含HDF5格式的数据（PyTables） . 我尝试使用pandas读取此文件：

import pandas as pd
store = pd.HDFStore('my_file.h5')

然后我尝试使用 store 对象：

print store

结果我得到：

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/pandas/io/pytables.py", line 133, in __repr__
    kind = v._v_attrs.pandas_type
  File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/tables/attributeset.py", line 302, in __getattr__
    (name, self._v__nodePath)
AttributeError: Attribute 'pandas_type' does not exist in node: '/data'

有人知道我做错了什么吗？问题可能是因为我的 *.h5 不是我认为的那样（不是hdf5格式的数据）吗？

python io pandas hdf5

2 回答

  • 3

    在你的 /usr/lib/pymodules/python2.7/pandas/io/pytables.py ，第133行

    kind = v._v_attrs.pandas_type

    在我的 pytables.py 中，我明白了

    kind = getattr(n._v_attrs,'pandas_type',None)

    通过使用 getattr ，如果没有 pandas_type 属性，则 kind 设置为 None . 我猜我的熊猫版本

    In [7]: import pandas as pd

In [8]: pd.__version__
Out[8]: '0.10.0'

    比你的新 . 如果是这样，修复方法是升级您的 pandas .

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  • 2

    我有一张h5 table . 使用独立于pandas的pytables制作并需要将其转换为元组列表然后将其导入df . 这很好听，因为它允许我利用我的pytables索引在输入上运行“where” . 这节省了我读取所有行 .

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