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facet在qplot中工作但facet_wrap在ggplot中产生错误

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我试图在ggplot中使用facet_wrap，同时使用我的真实数据集和简化的虚拟数据集，这是一个令人困惑的问题 . 我试图在多个个体的基因组中绘制杂合性，每个染色体分开显示 .

我的虚拟数据：

chr1    123000    124000    2    0.00002    26    0.00026    indiv1
chr1    124000    125000    3    0.00003    12    0.00012    indiv1
chr1    125000    126000    1    0.00001    6    0.00006    indiv1
chr1    126000    126000    2    0.00002    14    0.00014    indiv1
chr2    123000    124000    6    0.00006    20    0.00020    indiv1
chr2    124000    125000    0    0.00000    12    0.00012    indiv1
chr1    123000    124000    2    0.00002    26    0.00026    indiv2
chr1    124000    125000    3    0.00003    12    0.00012    indiv2
chr1    125000    126000    1    0.00001    6    0.00006    indiv2
chr1    126000    126000    2    0.00002    14    0.00014    indiv2
chr2    123000    124000    6    0.00006    20    0.00020    indiv2
chr2    124000    125000    0    0.00000    12    0.00012    indiv2

我的代码读入数据：

hetshoms <- read.table("fakedata.txt", header=F)
    chrom <- hetshoms$V1
    start.pos <- hetshoms$V2
    end.pos <- hetshoms$V3
    hets <- hetshoms$V4
    het_stat <- hetshoms$V5
    homs <- hetshoms$V6
    hom_stat <- hetshoms$V7
    indiv <- hetshoms$V8
    HetRatio <- hets/(hets+homs)

当我尝试在qplot中分别绘制染色体时，它工作正常：

testplot <- qplot(start.pos, HetRatio, facets = chrom ~ ., colour=chrom)

但是当我在ggplot中尝试类似的东西时，它不起作用 . 第一部分工作正常：

testplot <- ggplot(hetshoms, aes(x=start.pos, y=HetRatio)) + geom_point(aes(color=chrom))

但是当我尝试添加facet_wrap时：

testplot + facet_wrap(~chrom)

这会产生以下错误

“错误en layout_base（data，vars，drop = drop）：至少一个图层必须包含用于刻面的所有变量”

我试过在facet_wrap（）中添加一个（as.formula（paste））并直接调用hetshoms $ V1但是都没有解决问题 .

我将不胜感激任何有关如何更正我的代码的建议 .

r ggplot2 facet-wrap

1 回答

  • 0

    要复制 qplot 输出，我们需要 facet_grid(chrom~.)

    #data
hetshoms <- read.table(text="
                       chr1    123000    124000    2    0.00002    26    0.00026    indiv1
chr1    124000    125000    3    0.00003    12    0.00012    indiv1
                       chr1    125000    126000    1    0.00001    6    0.00006    indiv1
                       chr1    126000    126000    2    0.00002    14    0.00014    indiv1
                       chr2    123000    124000    6    0.00006    20    0.00020    indiv1
                       chr2    124000    125000    0    0.00000    12    0.00012    indiv1
                       chr1    123000    124000    2    0.00002    26    0.00026    indiv2
                       chr1    124000    125000    3    0.00003    12    0.00012    indiv2
                       chr1    125000    126000    1    0.00001    6    0.00006    indiv2
                       chr1    126000    126000    2    0.00002    14    0.00014    indiv2
                       chr2    123000    124000    6    0.00006    20    0.00020    indiv2
                       chr2    124000    125000    0    0.00000    12    0.00012    indiv2
                       ",header=FALSE)
#calculate HetRatio
colnames(hetshoms) <- c("chrom","start.pos","end.pos","hets","hets_stat","homs","homs_stat","indiv")
hetshoms$HetRatio <- hetshoms$hets/(hetshoms$hets+hetshoms$homs)

#plot
ggplot(hetshoms, aes(x=start.pos, y=HetRatio)) + 
  geom_point(aes(color=chrom)) +
  facet_grid(chrom~.)

    enter image description here

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