我想绘制两个矩阵之间的相关性，添加p值（具有p值高于0.05的白色单元格）我在 corrplot 包手册中找到了这个代码 .
library(corrplot)
cor.mtest <- function(mat, conf.level = 0.95) {
mat <- as.matrix(mat)
n <- ncol(mat)
p.mat <- lowCI.mat <- uppCI.mat <- matrix(NA, n, n)
diag(p.mat) <- 0
diag(lowCI.mat) <- diag(uppCI.mat) <- 1
for (i in 1:(n - 1)) {
for (j in (i + 1):n) {
tmp <- cor.test(mat[, i], mat[, j], conf.level = conf.level)
p.mat[i, j] <- p.mat[j, i] <- tmp$p.value
lowCI.mat[i, j] <- lowCI.mat[j, i] <- tmp$conf.int[1]
uppCI.mat[i, j] <- uppCI.mat[j, i] <- tmp$conf.int[2]
}
}
return(list(p.mat, lowCI.mat, uppCI.mat))
}
res1 <- cor.mtest(mtcars, 0.95)
##specialized the insignificant value according to the significant level
corrplot(M, p.mat = res1[[1]], sig.level = 0.2)
我假设 mtcars 是我的数据框...如何使用两个矩阵修改代码？
我在 psych 库中使用 corr.test 计算了相关性 .
cor.matrix <- corr.test(data1,data2,method="spearman")
但如果我尝试：
res1 <- cor.mtest(cor.matrix, 0.95)
它给我一个错误......
我该如何修改这段代码？