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无痛的方式来安装新版本的R？

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Andrew Gelman recently lamented the lack of an easy upgrade process for R（在Windows上可能比Linux更相关） . 有没有人有一个很好的技巧来进行升级，从安装软件到复制所有设置/包？

这个建议包含在评论中，是我最近一直在使用的 . 首先安装新版本，然后在旧版本中运行：

#--run in the old version of R
setwd("C:/Temp/")
packages <- installed.packages()[,"Package"]
save(packages, file="Rpackages")

在新版本中遵循以下内容：

#--run in the new version
setwd("C:/Temp/")
load("Rpackages")
for (p in setdiff(packages, installed.packages()[,"Package"]))
install.packages(p)
r upgrade packages

10 回答

  • 1

    我在Windows 8上，由于一些奇怪的原因，我永远无法使用我的互联网连接安装软件包 .

    我通常使用CRAN的.zip文件安装它 .

    从R 3.2.5到R 3.3.1之后 .

    我只是复制了包

    C:\Path\to\packa\R\win-library\3.2 至 C:\Path\to\packa\R\win-library\3.3 .

    然后我重新启动了R会话 . 工作得很完美 . 我没有检查是否所有包都运行良好 . 但是，我检查的那些工作得非常好 . 希望这个黑客适合每个人 .

    干杯 .

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  • 2

    为了完整起见，有一些方法可以防止您遇到此问题 . 正如Dirk所说，将包保存在计算机上的另一个目录中 .

    install.packages("thepackage",lib="/path/to/directory/with/libraries")

    您也可以使用函数 .libPaths 更改默认的 .Library 值

    .libPaths("/path/to/directory/with/libraries")

    这会将此路径作为 .Library 变量中的第一个值，并将其设为默认值 .

    如果要进一步自动化，可以在Rprofile.site文件中指定它，您可以在R build的/ etc /目录中找到它 . 然后每次加载时它都会自动加载，你不必再担心了 . 您只需从指定目录安装和加载包即可 .

    最后，我的Rprofile.site中包含一些小代码，允许我在安装新R版本时重新安装所有软件包 . 您只需将它们列出 before 即可更新到新的R版本 . 我使用包含所有包的更新列表的.RData文件 .

    library(utils)

## Check necessary packages
load("G:\Setinfo\R\packagelist.RData") # includes a vector "pkgs"
installed <- pkgs %in% installed.packages()[, 'Package']
if (length(pkgs[!installed]) >=1){
  install.packages(pkgs[!installed])
}

    我通过在我的Rprofile.site中指定 .Last() 来创建packagelist.RData . 如果我安装了一些，则更新包列表：

    .Last <- function(){
  pkgs <- installed.packages()[,1]
  if (length(pkgs) > length(installed)){
    save(pkgs,file="G:\Setinfo\R\packagelist.RData")
  }
}

    当我安装新的R版本时，我只需将必要的元素添加到Rprofile.site文件中，然后重新安装所有软件包 . 无论如何我必须调整Rprofile.site（使用和比，为Tinn-R添加额外的代码，这些东西），所以这不是真正的额外工作 . 它只需要额外的时间来重新安装所有包 .

    最后一位相当于原始问题中给出的解决方案 . 我不需要担心首先获得“已安装”列表 .

    同样，如果您的软件包未从CRAN安装，则无法完美运行 . 但是这个代码很容易扩展，包括那些代码 .

    编辑：代码中缺少括号

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  • 1

    这当然是一个老问题，但我可能会找到一个新的简单答案（仅适用于Windows） .

    install.packages("installr")
require(installr)
updateR()

    最好的方法是使用RGui系统 . 您的所有包都将被转移到新文件夹，旧文件夹将被删除或保存（您也可以选择） . 然后，再次打开RStudio后，它会立即识别出您使用的是更新版本 . 对我来说，这就像一个魅力，

    More info on here .

    西蒙

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  • 67

    两个快速建议：

    • 使用Gabor的batchfiles据说包含有助于例如帮助的工具 . 这个批量库重定位 . 警告：我没有用过它们 .

    • 不要在已安装的R版本的“filetree”中安装库 . 在Windows上，我可以将R放入C：/ opt / R / R- $版本，但是使用以下代码段将所有库放入C：/ opt / R / library /，因为它首先缓解了问题：

    $ cat .Renviron         # this is using MSys/MinGW which looks like Cygwin  
## Example .Renviron on Windows    
R_LIBS="C:/opt/R/library"
    回复于
  • 3

    如果您的软件包不是来自CRAN，则上面建议的方法将无法完全发挥作用 . 例如，从非CRAN站点下载的个人包或包 .

    我在Windows上的首选方法（将2.10.1升级到2.11.0）：

    • 安装R-2.11.0

    • 复制 R-2.10.0/library/* 至 R-2.11.0/library/

    • 回答"no"提示您是否可以覆盖 .

    • 开始R 2.11.0

    • 运行R命令 update.packages()

    回复于
  • 26

    关于问题中给出的解决方案，如果您已经安装了新版本，则运行旧版本的R可能并不容易 . 在这种情况下，您仍然可以从以前的R版本重新安装所有缺少的软件包，如下所示 .

    # Get names of packages in previous R version
old.packages <- list.files("/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library")

# Install packages in the previous version. 

# For each package p in previous version...
    for (p in old.packages) {
      # ... Only if p is not already installed
      if (!(p %in% installed.packages()[,"Package"])) {
        # Install p 
        install.packages(p) 
      }
    }

    （请注意，第一行代码中 list.files() 的参数应该是前一个R版本的库目录的路径，其中前一版本中的所有包文件夹都是 . 在我目前的情况下，这是 "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library" . 这将是如果您以前的R版本不是3.2，或者如果您使用的是Windows，则会有所不同 . ）

    if 语句确保如果未安装包

    • 它已经安装在新的R版本中，或者

    • 已作为依赖关系安装在 for 循环的上一次迭代中安装的软件包中 .

    回复于
  • 22

    继德克之后建议，这里有一些R代码在windows上执行：How to easily upgrade R on windows XP

    更新（15.04.11）：我写了另一篇关于这个主题的文章，解释了如何处理upgrading R on windows 7的常见问题

    回复于
  • 6

    两种选择：

    • 实施我的回答here

    • 如果您在Eclipse下使用R和StatET，请打开运行配置，单击控制台选项卡，然后在启动后在名为R snippet run的框中添加此行以及您选择的目录： .libPaths("C:/R/library")

    回复于
  • 0

    如果你有先见之明，接受的答案可能会有效，但我已经摆脱了旧版本，因此无法遵循这些指示 . 下面描述的步骤适用于从2.1和3.1升级的OSX .

    更新：要获取最新版本的目录（而不是键入3.1或3.2），您可以使用以下命令 . 第二个直接转换为R变量，跳过 . 和 .. 和 .DS_Store ，使用：

    OLD=$(ls -d /Library/Frameworks/R.framework/Versions/*.* |tail -n 2 | head -n 1)Resources/library/
echo "packages = c(\"`ls $OLD | tail +4| paste -s -d ',' - | sed -E 's|,|\",\"|'g`\")" | tr -d "/"

    （将 |pbcopy 添加到结尾以将其直接复制到Mac剪贴板）

    然后在R中，您可以粘贴生成的变量 . 一旦在新版本的R中定义了它，您就可以按照上面的说明遍历已安装的软件包......

    for (p in setdiff(packages, installed.packages()[,"Package"]))
   install.packages(p, dependencies=TRUE, quiet=TRUE, ask=FALSE)
    回复于
  • 34

    对我来说这个页面很好https://www.r-statistics.com/2013/03/updating-r-from-r-on-windows-using-the-installr-package/或者其他选项只是安装新的选项，最后你放，例如在我的电脑的窗口

    .libPaths（c（“D：/Documents/R/win-library/3.2”，“C：/ Program Files / R / R-3.2.3 / library”，“C：/ Program Files / R / R-3.2} .0 / library“，”D：/Documents/R/win-library/2.15“）

    在我的情况下最后一个版本的每个路径我总是把第一个路径是“D：/Documents/R/win-library/3.2”修复然后我把另一个因为你不需要复制或移动任何包，我的sugest只是称之为

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