我想绘制估计风险比作为时间的函数,在具有基于样条项的时间相关系数的情况下_822176_模型 . 我使用函数 tt
创建了时间相关系数,类似于直接来自 ?coxph
的此示例:
# Fit a time transform model using current age
cox = coxph(Surv(time, status) ~ ph.ecog + tt(age), data=lung,
tt=function(x,t,...) pspline(x + t/365.25))
调用 survfit(cox)
会导致 survfit
无法理解具有 tt
术语(as described in 2011 by Terry Therneau)的模型的错误 .
您可以使用 cox$linear.predictors
提取线性预测器,但我需要以某种方式提取年龄,而不是简单地提取每个时间 . 因为 tt
在事件时间拆分数据集,所以我不能只将输入数据帧的列与 coxph
输出匹配 . 另外,我真的想绘制估计函数本身,而不仅仅是对观察到的数据点的预测 .
这里有a related question涉及样条曲线,但它不涉及 tt
.
编辑(7/7)
我仍然坚持这个 . 我一直在深入研究这个对象:
spline.obj = pspline(lung$age)
str(spline.obj)
# something that looks very useful, but I am not sure what it is
# cbase appears to be the cardinal knots
attr(spline.obj, "printfun")
function (coef, var, var2, df, history, cbase = c(43.3, 47.6,
51.9, 56.2, 60.5, 64.8, 69.1, 73.4, 77.7, 82, 86.3, 90.6))
{
test1 <- coxph.wtest(var, coef)$test
xmat <- cbind(1, cbase)
xsig <- coxph.wtest(var, xmat)$solve
cmat <- coxph.wtest(t(xmat) %*% xsig, t(xsig))$solve[2, ]
linear <- sum(cmat * coef)
lvar1 <- c(cmat %*% var %*% cmat)
lvar2 <- c(cmat %*% var2 %*% cmat)
test2 <- linear^2/lvar1
cmat <- rbind(c(linear, sqrt(lvar1), sqrt(lvar2), test2,
1, 1 - pchisq(test2, 1)), c(NA, NA, NA, test1 - test2,
df - 1, 1 - pchisq(test1 - test2, max(0.5, df - 1))))
dimnames(cmat) <- list(c("linear", "nonlin"), NULL)
nn <- nrow(history$thetas)
if (length(nn))
theta <- history$thetas[nn, 1]
else theta <- history$theta
list(coef = cmat, history = paste("Theta=", format(theta)))
}
所以,我有结,但我仍然不确定如何将 coxph
系数与结合并以实际绘制函数 . 任何领导都非常感激 .
1 回答
我认为您需要的是通过使用
pspline
生成输入矩阵并将其乘以coxph
输出中的相关系数进行矩阵乘法来生成 . 要获得HR,您需要使用指数 .即
注意,这里的年龄是感兴趣时的年龄(即基线年龄和自研究进入以来经过的时间的总和) . 它必须使用指定的范围来匹配原始模型中的参数 . 它也可以使用
x
使用x = TRUE
输出计算,如下所示: