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如何用R读取多个FASTA文件？

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我有以下问题：我有10个不同的FASTA文件，每个文件中有数千个序列 . 我想从每个fasta文件中读取所有序列，然后（使用paste）创建一个包含所有序列的大文件 .

我的问题如下：如何在同一时间从不同的文件中读取？

我试过了：

a<-list.files()

然后

for (x in a) { temp<-read.table(x) seq<-summary(temp) print (seq)

但它无法正常工作 . 我也尝试了命令read.fasta但它给了我一个奇怪的输出（不是所有序列）

非常感谢您的帮助，非常感谢！

法比奥

PS . 一周前我开始和R一起工作......所以，请耐心，即使这是一个愚蠢的问题！

r fasta

1 回答

  • 2

    Bioconductor有许多用于处理DNA序列的包 . 使用安装ShortRead包

    source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("ShortRead")

    加载库并查阅readFasta的帮助页面

    library(ShortRead)
?readFasta

    找出与您想要读入的fasta文件匹配的模式（如 list.files ），并将与模式匹配的所有fasta文件读入单个对象

    patt <- "fasta$"
fasta <- readFasta("/my/directory/containing/fasta/files", patt)

    然后写出对象

    writeFasta(fasta, "my_destination.fasta")

    但实际上R不是连接文件的正确工具;可能你想做更多有趣的事情，其中一些可能会在ShortRead，Biostrings和GenomicRanges的插图中描述

    browseVignettes("ShortRead")
browseVignettes("Biostrings")
browseVignettes("GenomicRanges")

    Bioconductor mailing list是获得Bioconductor包支持的最佳位置 .

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