Grep word在一个文件中，并使用该单词在FASTA文件中匹配，将FASTA序列添加到第一个文件

3 回答

• 1

  awk 的一种方法

  awk '
  NR==FNR && /\>/ {
      x=$0
      getline b
      a[substr(x,2)]=b
      next
  } 
  {
      for (i=2;i<=NF;i++) {
          for (k in a) {
              if ($i==k) {
                  $i=$i" "a[k]
              }
          }
      }
  }1' file2 file1
  

  单线：

  awk 'NR==FNR{NF==2?k=$2:a[k]=$1;next}{for(i=2;i<=NF;i++){for(k in a){$i=$i==k?$i OFS a[k]:$i}}}1' FS="[> ]" file{2,1}
  

  与您的样本数据一起输出：

  $ awk 'NR==FNR {NF==2?k=$2:a[k]=$1;next}{for(i=2;i<=NF;i++){for(k in a){$i=$i==k?$i OFS a[k]:$i}}}1' FS="[> ]" file{2,1}
  Jan12345: ID1 ABCDEFG ID2 HIJKLMN IDN1 OPQRSTU
  Jan67899: ID11 WXYZABC ID12 DEFGHIJ IDN2 KLMNOPQ
  

  回复于 2024-05-04T23:34:59+08:00
• 2

  将fasta / file2文件读入 %h 哈希，并替换file1中的每一行，

  perl -pe 'BEGIN{open F,pop;%h=map{y|\r\n>||d;$_}<F>} s|(ID\S+)|$1 $h{$1}|g' file1 file2
  

  回复于 2024-05-04T23:34:59+08:00
• 2

  用GNU sed

  丑陋的方式：

  • 步骤I：制作命令脚本

  sed -r 's#^(\S+)\s+#${x;s/^\\s\\\|>//g;p};1{s/.*/\1/;h};/\n#;h;s/\n.*//;x;s/.*\n//;:ka;s#(\S+)\s*#\\b\1\\b\\| #;H;g;s/\n(\S+).*/\1/;x;s/.*\n\S+\s*//;tka;s/\\\|\n/\/!d;$!N;H;x;s\/\\n\/ \/g;x/' file1 > file.sed
  

  • 第二步：用bash制作结果文件

  #!/bin/bash
  while read p; do 
  sed -n $p file2
  done < file.sed > file3
  

  回复于 2024-05-04T23:34:59+08:00